Il s'agit de la commande gmx-rotacf qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-rotacf - Calculer la fonction de corrélation rotationnelle pour les molécules
SYNOPSIS
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[maintenant] [-xvg ] [-[hochement] [-[non]aver]
[-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ]
[-fitfn ] [-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]
DESCRIPTION
gmx rotation calcule la fonction de corrélation rotationnelle pour les molécules. Triplets d'atomes
(i,j,k) doit être donné dans le fichier index, définissant deux vecteurs ij et jk. La rotation
L'ACF est calculée comme la fonction d'autocorrélation du vecteur n = ij x jk, c'est-à-dire le
produit croisé des deux vecteurs. Puisque trois atomes couvrent un plan, l'ordre des trois
les atomes n'ont pas d'importance. Facultativement, en invoquant le -d commutateur, vous pouvez calculer le
fonction de corrélation rotationnelle pour les molécules linéaires en spécifiant des paires d'atomes (i,j) dans le
fichier index.
EXEMPLES
gmx rotation -P 1 -nparm 2 -fft -n indice -o rotacf-x-P1 -FA expfit-x-P1 -commencer 2.5
-ajustement d'extrémité 20.0
Cela calculera la fonction de corrélation rotationnelle en utilisant un Legendre du premier ordre
polynôme de l'angle d'un vecteur défini par le fichier index. La fonction de corrélation
sera ajusté de 2.5 ps jusqu'à 20.0 ps à une exponentielle à deux paramètres.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[hochement (non)
Utilisez des doublets d'index (vecteurs) pour la fonction de corrélation au lieu de triplets (plans)
-[non]aver (Oui)
Moyenne sur les molécules
-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images
-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF
-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation
-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin
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