gmx-select - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-select - Affiche des informations générales sur les sélections

SYNOPSIS

gmx sélectionnez [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-OS [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-oi [<.dat>]]
[-On [<.ndx>]] [-om [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]]
[-depdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-xvg ] [-[non]rmpbc]
[-[non]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltype ] [-sélectionner ] [-[no]norme]
[-[non]cfnorm] [-resnr ] [-pdbatomes ]
[-[non]cumlt]

DESCRIPTION

gmx Sélectionner écrit des données de base sur les sélections dynamiques. Il peut être utilisé pour certains simples
analyses, ou la sortie peut être combinée avec la sortie d'autres programmes et/ou externes
programmes d'analyse pour calculer des choses plus complexes. Pour une aide détaillée sur la sélection
syntaxe, veuillez utiliser gmx vous aider sélections.

Toute combinaison des options de sortie est possible, mais notez que -om ne fonctionne que sur le
première sélection. Notez également que si vous ne fournissez aucune option de sortie, aucune sortie n'est produite.

Avec -OS, calcule le nombre de positions dans chaque sélection pour chaque image. Avec -norme,
la sortie est comprise entre 0 et 1 et décrit la fraction du nombre maximum de
positions (par exemple, pour la sélection « renommer RA et x < 5 », le nombre maximum de positions est
le nombre d'atomes dans les résidus RA). Avec -cfnorme, la sortie est divisée par la fraction
couverts par la sélection. -norme ainsi que le -cfnorme peut être spécifié indépendamment d'un
un autre.

Avec -oc, la fraction couverte par chaque sélection est écrite en fonction du temps.

Avec -oi, les atomes/résidus/molécules sélectionnés sont écrits en fonction du temps. Dans
la sortie, la première colonne contient le temps de trame, la seconde contient le nombre de
positions, suivies du nombre d'atomes/résidus/molécules. Si plus d'une sélection est
spécifié, la taille du deuxième groupe suit immédiatement le dernier nombre du premier
groupe et ainsi de suite.

Avec -On, les atomes sélectionnés sont écrits dans un fichier d'index compatible avec make_ndx et par
outils d'analyse. Chaque sélection est écrite comme un groupe de sélection et pour les sélections dynamiques
un groupe est écrit pour chaque trame.

Pour les nombres de résidus, la sortie de -oi peut être contrôlé avec -resnr: nombre (Par défaut)
imprime les numéros de résidus tels qu'ils apparaissent dans le fichier d'entrée, tandis que indice impressions uniques
numéros attribués aux résidus dans l'ordre où ils apparaissent dans le fichier d'entrée, en commençant par
1. Le premier est plus intuitif, mais si l'entrée contient plusieurs résidus avec le même
nombre, la sortie peut être moins utile.

Avec -om, un masque est imprimé pour la première sélection en fonction du temps. Chaque ligne dans
la sortie correspond à une trame, et contient soit 0/1 pour chaque
atome/résidus/molécule éventuellement sélectionné. 1 représente l'atome/le résidu/la molécule étant
sélectionné pour l'image actuelle, 0 pour non sélectionné.

Avec -de, la fraction d'occupation de chaque position (c'est-à-dire la fraction de trames où le
position est sélectionnée) est imprimé.

Avec -depdb, un fichier PDB est écrit où la colonne d'occupation est remplie avec le
fraction d'occupation de chaque atome de la sélection. Les coordonnées dans le fichier PDB seront
ceux de la topologie d'entrée. -pdbatomes peut être utilisé pour contrôler quels atomes apparaissent dans le
fichier PDB de sortie : avec TOUTE tous les atomes sont présents, avec maxsel tous les atomes éventuellement sélectionnés
par la sélection sont présents, et avec choisi seuls les atomes qui sont sélectionnés au moins dans
un cadre sont présents.

Avec -olt, un histogramme est produit qui montre le nombre de positions sélectionnées en tant que
fonction du temps pendant lequel la position a été sélectionnée en continu. -cumlt peut être utilisé pour contrôler
si des sous-intervalles d'intervalles plus longs sont inclus dans l'histogramme.

-om, -de ainsi que -olt n'a de sens qu'avec des sélections dynamiques.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire d'entrée ou configuration unique : xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure d'entrée : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Groupes d'index supplémentaires

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-OS [<.xvg>] (taille.xvg) (Facultatif)
Nombre de positions dans chaque sélection

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) (Facultatif)
Fraction couverte pour chaque sélection

-oi [<.dat>] (index.dat) (Facultatif)
Indices sélectionnés par chaque sélection

-On [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'indexation de la sélection

-om [<.xvg>] (masque.xvg) (Facultatif)
Masque pour les positions sélectionnées

-de [<.xvg>] (occupation.xvg) (Facultatif)
Fraction occupée pour les postes sélectionnés

-depdb [<.pdb>] (occupation.pdb) (Facultatif)
Fichier PDB avec fraction occupée pour les postes sélectionnés

-olt [<.xvg>] (durée de vie.xvg) (Facultatif)
Histogramme de durée de vie

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utiliser le cadre que si t MOD dt == première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrâce)
Formatage du tracé : aucun, xmgrace, xmgr

-[non]rmpbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour chaque image

-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour le calcul de la distance

-sf
Fournir des sélections à partir de fichiers

-selrpos (atome)
Positions de référence de sélection : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltype (atome)
Positions de sortie de sélection par défaut : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-sélectionner
Sélections à analyser

-[no]norme (non)
Normaliser par nombre total de positions avec -os

-[non]cfnorm (non)
Normaliser par fraction couverte avec -os

-resnr (nombre)
Type de sortie du nombre de résidus avec -oi et -on : nombre, indice

-pdbatomes (tout)
Atomes à écrire avec -ofpdb : all, maxsel, selected

-[non]cumlt (Oui)
Cumuler des sous-intervalles d'intervalles plus longs dans -olt

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