gmx-sham - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-sham - Calculer les énergies libres ou d'autres histogrammes à partir d'histogrammes

SYNOPSIS

imposture gmx [-f [<.xvg>]] [-donner [<.xvg>]] [-ène [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-poubelle [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[maintenant] [-xvg ]
[-[pas le temps] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[hochement] [-[non] imposture] [-tsham ]
[-pmin ] [-faible ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nniveaux ]

DESCRIPTION

gmx faux fait des tracés multidimensionnels d'énergie libre, d'enthalpie et d'entropie. gmx faux lit
un ou plus .xvg fichiers et analyse les ensembles de données. Le but fondamental de gmx faux est de tracer
Paysages à énergie gratuite de Gibbs (option -ls) par Bolzmann inversant multidimensionnel
histogrammes (option -lp), mais il peut aussi faire de l'enthalpie (option -lsh) et l'entropie (option
-lss) parcelles. Les histogrammes peuvent être réalisés pour toutes les quantités fournies par l'utilisateur. Une ligne dans
le fichier d'entrée peut commencer par une heure (voir option -temps) et un nombre quelconque de y-les valeurs peuvent
suivre. Plusieurs ensembles peuvent également être lus lorsqu'ils sont séparés par & (option -n), dans ce
cas un seul y-value est lu à partir de chaque ligne. Toutes les lignes commençant par # et @ sont
sauté.

Option -donner peut être utilisé pour alimenter un fichier en énergies libres lorsque l'ensemble n'est pas un
Boltzmann, mais doit être biaisé par cette énergie libre. Une valeur d'énergie gratuite est
requis pour chaque point de données (multidimensionnel) dans le -f contribution.

Option -ène peut être utilisé pour alimenter un fichier en énergies. Ces énergies sont utilisées comme
fonction de pondération dans la méthode d'analyse à histogramme unique de Kumar et al. Lorsque
les températures sont fournies (en seconde colonne dans le fichier), une pondération expérimentale
régime est appliqué. De plus, les vallées sont utilisées pour faire des tracés d'enthalpie et d'entropie.

Avec l'option -faible, les dimensions peuvent être données pour les distances. Lorsqu'une distance est de 2 ou
En 3 dimensions, la circonférence ou la surface échantillonnée par deux particules augmente avec
distance croissante. Selon ce que l'on veut montrer, on peut choisir de corriger
l'histogramme et l'énergie libre pour cet effet de volume. La probabilité est normalisée par r
et r^2 pour les dimensions 2 et 3, respectivement. Une valeur de -1 est utilisée pour indiquer un
angle en degrés entre deux vecteurs : une normalisation sin(angle) sera appliquée. Notes
que pour les angles entre les vecteurs, le produit interne ou cosinus est la quantité naturelle à
utiliser, car il produira des bacs du même volume.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xvg>] (graphique.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-donner [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ène [<.xvg>] (esham.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-dist [<.xvg>] (ener.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-poubelle [<.ndx>] (bindex.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-lsh [<.xpm>] (enthalpie.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropie.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines

-g [<.log>] (shamlog.log) (Facultatif)
Fichier journal

D'autres options:

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-[pas le temps (Oui)
Attendez-vous à un temps dans l'entrée

-b (-1)
Première fois à lire de l'ensemble

-e (-1)
Dernière fois à lire de l'ensemble

-ttol (0)
Tolérance à l'heure dans les unités appropriées (généralement ps)

-n (1)
Lire ce nombre d'ensembles séparés par des lignes ne contenant qu'une esperluette

-[hochement (non)
Utiliser la dérivée

-[non] imposture (Oui)
Désactiver la pondération énergétique même si des énergies sont données

-tsham (298.15)
Température pour l'analyse d'un seul histogramme

-pmin (0)
Probabilité minimale. Tout ce qui est inférieur à cela sera mis à zéro

-faible (1 1 1)
Dimensions des distances, utilisées pour la correction du volume (max 3 valeurs, dimensions > 3
obtiendra la même valeur que la dernière)

-ngrid (32 32 32)
Nombre de bacs pour les paysages énergétiques (max 3 valeurs, dimensions > 3 obtiendront le
même valeur que la précédente)

-xmin (0 0 0)
Minimum pour les axes en paysage énergétique (voir ci-dessus pour > 3 dimensions)

-xmax (1 1 1)
Maximum pour les axes du paysage énergétique (voir ci-dessus pour > 3 dimensions)

-pmax (0)
Probabilité maximale en sortie, la valeur par défaut est calculer

-gmax (0)
Énergie libre maximale en sortie, la valeur par défaut est calculer

-emin (0)
Enthalpie minimale en sortie, la valeur par défaut est calculer

-emax (0)
Enthalpie maximale en sortie, la valeur par défaut est calculer

-nniveaux (25)
Nombre de niveaux pour le paysage énergétique

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