Il s'agit de la commande gmx-spol qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-spol - Analyse l'orientation et la polarisation des dipôles du solvant autour des solutés
SYNOPSIS
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[maintenant]
[-xvg ] [-[pas de commentaires] [-regraisser ] [-rmin ]
[-rmax ] [-tremper ] [-pc ]
DESCRIPTION
gmx genre analyse les dipôles autour d'un soluté ; il est particulièrement utile pour l'eau polarisable.
Un groupe d'atomes de référence, ou un centre de référence de masse (option -avec) et un groupe de
des atomes de solvant est nécessaire. Le programme divise le groupe d'atomes de solvant en molécules.
Pour chaque molécule de solvant, la distance à l'atome le plus proche dans le groupe de référence ou au
COM est déterminé. Une distribution cumulative de ces distances est tracée. Pour chaque
distance entre -rmin ainsi que -rmax le produit scalaire du vecteur distance et du dipôle
de la molécule de solvant est déterminée. Pour les molécules de solvant avec une charge nette (ions), le
la charge nette de l'ion est soustraite uniformément de tous les atomes dans la sélection de chaque ion.
La moyenne de ces composantes dipolaires est imprimée. Il en est de même pour la polarisation,
où le dipôle moyen est soustrait du dipôle instantané. L'ampleur de la
le dipôle moyen est défini avec l'option -tremper, la direction est définie par le vecteur de
le premier atome dans le groupe solvant sélectionné jusqu'au point médian entre le deuxième et le
troisième atome.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[pas de commentaires (non)
Utiliser le centre de masse comme position de référence
-regraisser (1)
L'atome de référence de la molécule de solvant
-rmin (0)
Distance maximale (nm)
-rmax (0.32)
Distance maximale (nm)
-tremper (0)
Le dipôle moyen (D)
-pc (0.01)
La largeur du bac
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