gmx-traj - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-traj - Tracer x, v, f, box, température et énergie de rotation à partir des trajectoires

SYNOPSIS

traj gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-bœuf [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc/.trr/...>]] [-ov [<.xvg>]]
[-de [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-pas [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-PDG [<.xvg>]] [-CV [<.pdb>]] [-cf [<.pdb>]]
[-un V [<.xvg>]] [-un F [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-[maintenant] [-xvg ] [-[pas de commentaires]
[-[non]pbc] [-[non]mol] [-[non]pas de saut] [-[non]x] [-[non]y]
[-[non]z] [-ng ] [-[non] len] [-[non]fp] [-poubelle ]
[-cheure ] [-échelle ]

DESCRIPTION

gmx Traj trace les coordonnées, les vitesses, les forces et/ou la boîte. Avec -avec les coordonnées,
les vitesses et les forces sont calculées pour le centre de masse de chaque groupe. Lorsque -mol is
défini, les nombres dans le fichier d'index sont interprétés comme des nombres de molécules et le même
procédure comme avec -avec est utilisé pour chaque molécule.

Option -pas trace la température de chaque groupe, à condition que les vitesses soient présentes dans le
fichier de trajectoire. Aucune correction n'est apportée pour les degrés de liberté contraints ! Cette
implique -avec.

Options -ekt et -ekr tracer l'énergie cinétique de translation et de rotation de chaque groupe,
à condition que les vitesses soient présentes dans le fichier de trajectoire. Cela implique -avec.

Options -CV et -cf écrire les vitesses moyennes et les forces moyennes en tant que facteurs de température
aux .pdb fichier avec les coordonnées moyennes ou les coordonnées à -cheure. La température
facteurs sont mis à l'échelle de telle sorte que le maximum est de 10. La mise à l'échelle peut être modifiée avec le
option -échelle. Pour obtenir les vitesses ou les forces d'un cadre, définissez les deux -b et -e à la
moment de la trame souhaitée. Lors de la moyenne sur des images, vous devrez peut-être utiliser le -pas de saut option
pour obtenir les coordonnées moyennes correctes. Si vous sélectionnez l'une de ces options, le
la force et la vitesse moyennes pour chaque atome sont écrites dans un .xvg fichier également (spécifié
avec -un V or -un F).

Option -PDG calcule une distribution de vitesse, c'est-à-dire que la norme du vecteur est tracée. Dans
plus dans le même graphique la distribution de l'énergie cinétique est donnée.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-bœuf [<.xvg>] (coord.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-oxt [<.xtc/.trr/...>] (coord.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-ov [<.xvg>] (veloc.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-de [<.xvg>] (force.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ob [<.xvg>] (boîte.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pas [<.xvg>] (temp.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ekt [<.xvg>] (ektrans.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-PDG [<.xvg>] (veldist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-CV [<.pdb>] (veloc.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines

-cf [<.pdb>] (force.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines

-un V [<.xvg>] (all_veloc.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-un F [<.xvg>] (tout_force.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-[pas de commentaires (non)
Tracer les données pour le com de chaque groupe

-[non]pbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour COM

-[non]mol (non)
L'index contient les numéros de molécules les numéros d'atomes iso

-[non]pas de saut (non)
Supprimer les sauts d'atomes à travers la boîte

-[non]x (Oui)
Tracer la composante X

-[non]y (Oui)
Tracer la composante Y

-[non]z (Oui)
Tracer la composante Z

-ng (1)
Nombre de groupes à considérer

-[non] len (non)
Tracer la longueur du vecteur

-[non]fp (non)
Sortie de précision totale

-poubelle (1)
Binwidth pour l'histogramme de vitesse (nm/ps)

-cheure (-1)
Utilisez le cadre à ce moment pour x dans -CV et -cf au lieu du x moyen

-échelle (0)
Facteur d'échelle pour .pdb sortie, 0 est la mise à l'échelle automatique

Utilisez gmx-traj en ligne en utilisant les services onworks.net