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gt-csa - En ligne dans le Cloud

Exécutez gt-csa dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande gt-csa qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

Nom


gt-csa - Transforme les alignements épissés du fichier GFF3 en alignements épissés consensuels.

SYNOPSIS


gt CSA [option ...] [fichier_GFF3]

DESCRIPTION


-longueur de jointure [Plus-value]
définir la longueur de jointure pour le regroupement d'alignements épissés (par défaut : 300)

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)

-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)

-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)

-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

Exemple:


Supposons que nous ayons un fichier GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 contenant
suivant quatre alignements épissés qui se chevauchent (représentés comme des gènes avec des exons comme
enfants):

##gff-version 3
##séquence-région seq 1 290
séqu. gène 1 209 . + . ID=gène1
séqu. exon 1 90 . + . Parent=gène1
séqu. exon 110 190 . + . Parent=gène1
séqu. exon 201 209 . + . Parent=gène1
###
séqu. gène 1 290 . + . ID=gène2
séqu. exon 1 90 . + . Parent=gène2
séqu. exon 101 190 . + . Parent=gène2
séqu. exon 201 290 . + . Parent=gène2
###
séqu. gène 10 290 . + . ID=gène3
séqu. exon 10 90 . + . Parent=gène3
séqu. exon 110 190 . + . Parent=gène3
séqu. exon 201 290 . + . Parent=gène3
###
séqu. gène 181 290 . + . ID=gène4
séqu. exon 181 190 . + . Parent=gène4
séqu. exon 201 290 . + . Parent=gène4
###

Pour calculer les alignements consensuels épissés, nous appelons :

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

Qui renvoie :

##gff-version 3
##séquence-région seq 1 290
seq gt gène csa 1 290 . + . ID=gène1
seq gt ARNm csa 1 290 . + . ID=ARNm1;Parent=gène1
seq gt csa exon 1 90 . + . Parent = ARNm1
seq gt csa exon 110 190 . + . Parent = ARNm1
seq gt csa exon 201 290 . + . Parent = ARNm1
seq gt ARNm csa 1 290 . + . ID=ARNm2;Parent=gène1
seq gt csa exon 1 90 . + . Parent = ARNm2
seq gt csa exon 101 190 . + . Parent = ARNm2
seq gt csa exon 201 290 . + . Parent = ARNm2
###

Comme on peut le voir, ils ont été combinés en un alignement consensuel (représenté par
gènes avec des ARNm comme enfants qui à leur tour ont des exons comme enfants) avec deux alternatives
formes d'épissure. Le premier et le troisième alignement épissé ont été combinés dans le premier
forme d'épissage alternatif (ARNm1) et le deuxième et le quatrième alignement épissé dans
la deuxième forme d'épissage alternatif (ARNm2).

Comme on peut le voir, le deuxième exon de la première forme d'épissage alternatif est plus court que le
exon correspondant de la deuxième forme d'épissage alternatif.

DE LA LIGNE BOGUES


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