gt-encseq-encode - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-encseq-encode - Encode efficacement les fichiers de séquence (FASTA/FASTQ, GenBank, EMBL).

SYNOPSIS

gt encseq encoder fichier_séquence [fichier_séquence [fichier_séquence ...]]

DESCRIPTION

-showstats [oui|non]
afficher les résultats de la compression (par défaut : non)

-ssp [oui|non]
position du séparateur de séquence de sortie dans le fichier (par défaut : oui)

-des [oui|non]
les descriptions des séquences de sortie dans le fichier (par défaut : oui)

-sds [oui|non]
position du séparateur de description de séquence de sortie dans le fichier (par défaut : oui)

-md5 [oui|non]
sortie des sommes MD5 dans le fichier (par défaut : oui)

-clipdesc [oui|non]
descriptions des clips après le premier espace (par défaut : non)

-Sam [un magnifique]
spécifier le type de représentation de la séquence par l'un des mots-clés direct, bytecompress,
eqlen, bit, uchar, ushort, uint32 (par défaut : non défini)

-adn [oui|non]
l'entrée est une séquence d'ADN (par défaut : non)

-protéine [oui|non]
l'entrée est une séquence de protéines (par défaut : non)

-plaine [oui|non]
traiter en texte brut (par défaut : non)

-nom_index [un magnifique]
spécifier le nom de l'index à générer (par défaut : undefined)

-smap [un magnifique]
spécifier le fichier contenant un mappage de symboles (par défaut : undefined)

-sans perte [oui|non]
autoriser la récupération de la séquence d'origine sans perte (par défaut : non)

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter

-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

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