gt-eval - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-eval - Comparez les fichiers d'annotation et affichez les mesures de précision (prédiction par rapport à référence).

SYNOPSIS

gt eval fichier_référence fichier_prédiction

DESCRIPTION

-nuc [oui|non]
évaluer le niveau de nucléotides (la consommation de mémoire est proportionnelle à la taille des fichiers d'entrée)
(par défaut : oui)

-litre [oui|non]
évaluer une prédiction de rétrotransposon LTR au lieu d'une prédiction de gène (toutes
Les éléments LTR_retrotransposon sont considérés comme ayant un brin indéterminé) (par défaut :
non)

-ltrdelta [Plus-value]
définir le delta autorisé pour que les bordures LTR soient considérées comme égales (par défaut : 20)

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)

-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)

-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)

-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

Le programme affiche les valeurs de sensibilité et de spécificité pour certains types de fonctionnalités (par exemple,
gène, ARNm et exon). Pour certains types de fonctionnalités, le nombre de fonctionnalités manquantes et erronées de
ce type est également affiché. Ainsi, « manquant » désigne le nombre de fonctionnalités de ce type à partir de
la « référence » sans chevauchement à une caractéristique de ce type à partir de la « prédiction ». Vice
versa, « faux » désigne le nombre de caractéristiques de ce type issues de la « prédiction » sans
chevauchent une entité de ce type à partir de la « référence ».

DE LA LIGNE BOGUES

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