gt-extractseq - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-extractseq - Extrait des séquences à partir de fichiers de séquences donnés ou de fastaindex.

SYNOPSIS

gt extraitseq [option ...] [séquence_fichier(s)] | index rapide

DESCRIPTION

-depos [Plus-value]
extraire la séquence de cette position en comptant à partir de 1 (par défaut : 0)

-topos [Plus-value]
extraire la séquence jusqu'à cette position en comptant à partir de 1 (par défaut : 0)

-rencontre [un magnifique]
extraire toutes les séquences dont la description correspond au motif donné. Le modèle donné
doit être une expression régulière étendue valide. (par défaut : non défini)

-clés [nom de fichier]
extraire les sous-chaînes pour les clés dans le fichier spécifié (par défaut : undefined)

-largeur [Plus-value]
définir la largeur de sortie pour l'impression de séquence FASTA (0 désactive le formatage) (par défaut : 0)

-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)

-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)

-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)

-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

L'option -keys permet d'extraire des sous-chaînes ou des séquences de la séquence donnée
fichier ou à partir d'un index fasta. Les sous-chaînes à extraire sont spécifiées dans un fichier clé
donné comme argument à cette option. Le fichier clé doit contenir des lignes de la forme

k

or

kij

où k est une chaîne (la clé) et les i et j optionnels sont des entiers positifs tels que
i⇐j. k est la clé et les nombres facultatifs i et j spécifient la première position du
substring et la dernière position de la sous-chaîne à extraire. Les postes sont
compté à partir de 1. Si k est identique à la chaîne entre le premier et le deuxième
occurrence du symbole | dans un en-tête fasta, puis l'en-tête fasta et le correspondant
la séquence est sortie. Par exemple dans l'en-tête fasta

>tr|A0AQI4|A0AQI4_9ARCH Ammoniac monooxygénase putatif (Fragment)

la clé fasta est A0AQI4. Si i et j sont tous les deux spécifiés, alors la sous-chaîne correspondante
est affiché au format fasta. Dans ce dernier cas, l'en-tête de la séquence au format fasta en
la sortie commence par

>kij

suivi de l'en-tête fasta d'origine.

Si les entrées de séquence sont des fichiers fasta, alors ce qui suit est valable :

· les lignes dupliquées dans le fichier d'entrée conduisent à une seule séquence dans la sortie

· les séquences sont sorties selon l'ordre dans les fichiers de séquence d'origine

· le formatage de la sortie peut être contrôlé par les options -largeur, -o, -gzipet
-bzip2

Si l'entrée de séquence provient d'un index fasta (voir ci-dessous), ce qui suit est valable :

· options -largeur est nécessaire

· options -o, -gzip ainsi que -bzip2 ne fonctionnent pas

· les séquences sont sorties dans l'ordre d'apparition des clés correspondantes dans le fichier de clés

Si la fin de la liste d'arguments ne contient qu'un seul nom de fichier, disons fastaindex, alors il est
vérifié s'il existe un fichier fastaindex.kys. Cela fait partie de l'indice fasta, qui est
construit en appelant l'outil suffixerator comme suit :

gt suffixerator -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db fichierentrée1 [fichierentrée2 ..]

Ceci lit les fichiers de séquence de protéines donnés à l'option -Db et crée plusieurs fichiers :

· un fichier fastaindex.esq représentant la séquence.

· un fichier fastaindex.ssp ​​précisant les positions des séparateurs de séquences.

· un fichier fastaindex.des affichant les en-têtes fasta ligne par ligne.

· un fichier fastaindex.sds donnant les positions des délimiteurs d'en-tête de séquence.

· un fichier fastaindex.kys contenant les clés dans les fichiers fasta.

Pour que la commande suffixerator fonctionne, les clés de la forme |key| dans l'en-tête fasta doit
satisfaire les contraintes suivantes :

· ils doivent tous être de la même longueur, pas plus de 128, et pas moins de 1

· ils doivent apparaître dans l'ordre lexicographique

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