Il s'agit de la commande gt-ltrharvest qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-ltrharvest - Prédire les rétrotransposons LTR.
SYNOPSIS
gt ltrrécolte [option ...] -index
DESCRIPTION
-indice [un magnifique]
spécifiez le nom de l'index du tableau de suffixes amélioré (obligatoire) (par défaut : undefined)
-gamme [Commencer fin]
spécifiez la plage dans la ou les séquences d'entrée dans lesquelles les paires LTR sont recherchées (par défaut :
[0..0])
-la graine [Plus-value]
spécifier la longueur minimale de départ pour les répétitions exactes (par défaut : 30)
-minlenltr [Plus-value]
spécifier la longueur minimale pour chaque LTR (par défaut : 100)
-maxlenltr [Plus-value]
spécifier la longueur maximale pour chaque LTR (par défaut : 1000)
-mindistltr [Plus-value]
spécifier la distance minimale des positions de départ LTR (par défaut : 1000)
-maxdistltr [Plus-value]
spécifier la distance maximale des positions de départ LTR (par défaut : 15000)
-similaire [Plus-value]
spécifier le seuil de similarité dans la plage [1..100 %] (par défaut : 85.000000 XNUMX XNUMX)
-menthesd [Plus-value]
spécifier la longueur minimale pour chaque TSD (par défaut : 4)
-maxtsd [Plus-value]
spécifier la longueur maximale pour chaque TSD (par défaut : 20)
-motif [un magnifique]
spécifier 2 nucléotides motif de début + 2 nucléotides motif de fin : ** (par défaut : non défini)
-motifmis [Plus-value]
spécifier le nombre maximum de discordances dans le motif [0,3] (par défaut : 4)
-vic [Plus-value]
préciser le nombre de nucléotides (à gauche et à droite) qui seront recherchés
pour les TSD et/ou les motifs autour des limites 5' et 3' des rétrotransposons LTR prédits
(par défaut : 60)
-chevauchements [ ]
spécifiez no|meilleur|tout (par défaut : meilleur)
-xdrop [Plus-value]
spécifiez xdropbelowscore pour l'alignement d'extension (par défaut : 5)
-tapis [Plus-value]
spécifier matchscore pour extension-alignment (par défaut : 2)
-mis [Plus-value]
spécifiez le score d'incompatibilité pour l'alignement d'extension (par défaut : -2)
-ins [Plus-value]
spécifier le score d'insertion pour l'alignement d'extension (par défaut : -3)
-de la [Plus-value]
spécifier le score de suppression pour l'alignement d'extension (par défaut : -3)
-v [oui|non]
mode verbeux (par défaut : non)
-à propos [oui|non]
montrer et les sites anciens sortie tabulaire au lieu de GFF3 sur stdout (par défaut : oui)
-seqids [oui|non]
utiliser des descriptions de séquence au lieu de numéros de séquence dans la sortie GFF3 (par défaut : non)
-md5 [oui|non]
ajouter des hachages MD5 aux seqids dans la sortie GFF3 (par défaut : non)
-sortie longue [oui|non]
motif/sortie TSD supplémentaire (par défaut : non)
-en dehors [un magnifique]
spécifier le nom du fichier de sortie FASTA (par défaut : non défini)
-extérieur [un magnifique]
spécifier le nom du fichier de sortie FASTA pour les régions internes (par défaut : non défini)
-gff3 [un magnifique]
spécifier le nom du fichier de sortie GFF3 (par défaut : non défini)
-décalage [Plus-value]
décalage ajouté aux coordonnées GFF3 (par défaut : 0)
-analyse [oui|non]
analyser l'index de manière séquentielle au lieu de le mapper entièrement dans la mémoire (par défaut : oui)
-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter
-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
COMPLÉMENTAIRES INFORMATION
Pour des informations détaillées, veuillez vous référer au manuel de ltrharvest.
DE LA LIGNE BOGUES
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