gt-readjoiner-prefilter – En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-readjoiner-prefilter - Supprime les lectures contenues et de mauvaise qualité et encode l'ensemble de lectures dans
Format GtEncseq.

SYNOPSIS

gt relire préfiltre [option ...]

DESCRIPTION

-readset [un magnifique]
spécifier le nom du readset par défaut : nom de fichier du premier fichier de séquence d'entrée

-Db
spécifiez une liste de bibliothèques d'entrée (Fasta/FastQ) ; pour les bibliothèques à extrémité unique, utilisez le
nom de fichier (qui n'est pas autorisé à contenir : symboles); pour les bibliothèques appariées avec
lit entrelacé (f,r,f,r,...) dans un seul fichier en utilisant la notation
: [, ] (l'écart type peut être omis) ; pour les lectures appariées avec
dans deux fichiers (f, r) utiliser la notation : : [, ]

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-q [oui|non]
supprimer les messages de sortie standard (par défaut : non)

-des [oui|non]
stocker les identifiants Fasta (ou les descriptions entières si utilisé avec -clipdes no) avertissement :
augmente la mémoire requise (par défaut : non)

-clipdes [oui|non]
clip Fasta descriptions après le premier espace défini sur false si vous avez besoin de descriptions complètes
(par défaut : oui)

-memdes [oui|non]
utiliser le stockage mémoire pour les descriptions (par défaut : utiliser le stockage disque temporaire)

-maxlow [Plus-value]
nombre maximal de positions de faible qualité dans une lecture par défaut : infini

-faible qualité [Plus-value]
qualité maximale pour qu'une position soit considérée comme de faible qualité (par défaut : 3)

-phred64 [oui|non]
utiliser les scores phred64 pour le format FastQ (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter

-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

DE LA LIGNE BOGUES

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