gt-select - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gt-select - Sélectionnez certaines fonctionnalités (spécifiées par les options utilisées) à partir de GFF3 donné
des dossiers).

SYNOPSIS

gt Sélectionner [option ...] [GFF3_fichier ...]

DESCRIPTION

-retainids [oui|non]
lorsqu'ils sont disponibles, utilisez les identifiants d'origine fournis dans le fichier source (consommation de mémoire
est proportionnel à la(aux) taille(s) du fichier d'entrée) (par défaut : non)

-seqid [un magnifique]
sélectionnez la fonction avec l'ID de séquence donné (tous les commentaires sont sélectionnés). (défaut:
indéfini)

-source [un magnifique]
sélectionnez la fonctionnalité avec la source donnée (la source est la colonne 2 dans les lignes GFF3 régulières)
(par défaut : non défini)

-contenir [Commencer fin]
sélectionner toutes les caractéristiques qui sont contenues dans la plage donnée (par défaut : undefined)

-chevauchement [Commencer fin]
sélectionner toutes les entités qui chevauchent la plage donnée (par défaut : non défini)

-brin [un magnifique]
sélectionnez toutes les caractéristiques de niveau supérieur (c'est-à-dire les caractéristiques sans parents) dont le brin est égal au
donné un (doit être l'un des +-. ?) (par défaut : non défini)

-cible [un magnifique]
sélectionner toutes les fonctionnalités de niveau supérieur (c'est-à-dire les fonctionnalités sans parents) qui ont exactement une
attribut cible dont le brin est égal à celui donné (doit être l'un des +-. ?) (défaut:
indéfini)

-ciblebest [oui|non]
si plusieurs fonctionnalités de niveau supérieur (c'est-à-dire des fonctionnalités sans parents) avec exactement une
l'attribut target a le même target_id, ne gardez que la fonctionnalité avec le meilleur score.
Si -targetstrand est utilisé en même temps, cette option est appliquée après -targetstrand.
La consommation de mémoire est proportionnelle à la taille des fichiers d'entrée. (par défaut : non)

-hascds [oui|non]
sélectionner toutes les fonctionnalités de niveau supérieur qui ont un enfant CDS (par défaut : non)

-maxgenelength [Plus-value]
sélectionner les gènes jusqu'à la longueur maximale donnée (par défaut : undefined)

-maxgénénum [Plus-value]
sélectionner les premiers gènes jusqu'au nombre maximum donné (par défaut : non défini)

-mingenescore [Plus-value]
sélectionner les gènes avec le score minimum donné (par défaut : non défini)

-maxgenescore [Plus-value]
sélectionner les gènes avec le score maximum donné (par défaut : non défini)

-minaveragessp [Plus-value]
définir la probabilité moyenne minimale du site d'épissure (par défaut : undefined)

-rule_files
spécifier les fichiers de règles de filtrage Lua à utiliser pour la sélection (terminer la liste avec --)

-règle_logique [ ]
sélectionnez la façon dont plusieurs fichiers Lua doivent être combinés choisissez parmi AND|OR (par défaut : AND)

-fichier_dropped [nom de fichier]
enregistrer les entités non sélectionnées dans un fichier (par défaut : non défini)

-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)

-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)

-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)

-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)

-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)

-Aide
afficher l'aide et quitter

-version
afficher les informations de version et quitter

Format de fichier pour l'option -rule_files:

Les fichiers fournis à l'option -rule_files définir une fonction de filtrage par utilisateur donnée
critères (voir exemple ci-dessous) :

filtre de fonction (gn)
cible = "exon"
pour curnode dans gn:children() do
if (curnode:get_type() == cible) alors
retourner faux
fin
fin
retourne vrai
fin

La fonction ci-dessus itère sur tous les enfants de gn et vérifie s'il y a un nœud de
type exon. S'il existe un tel nœud, la fonction renvoie non, indiquant que le parent
nœud gn ne sera pas réglé.

REMARQUE : La fonction doit être nommée une fonction filtre et doit revenir non, indiquant que le nœud
survécu au processus de filtrage.

DE LA LIGNE BOGUES

Signaler des bogues à[email protected]>.

Utilisez gt-select en ligne en utilisant les services onworks.net