Il s'agit de la commande gt-tirvish qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
gt-tirvish - Identifiez les éléments de répétition inversée terminale (TIR), tels que les transposons d'ADN.
SYNOPSIS
gt tirvis [option ...] -index NOMINDEX
DESCRIPTION
-indice [un magnifique]
spécifiez le nom de l'index du tableau de suffixes amélioré (obligatoire) (par défaut : undefined)
-la graine [Plus-value]
spécifier la longueur minimale de départ pour les répétitions exactes (par défaut : 20)
-mintirlen [Plus-value]
spécifier la longueur minimale pour chaque TIR (par défaut : 100)
-maxtirlen [Plus-value]
spécifier la longueur maximale pour chaque TIR (par défaut : 1000 XNUMX)
-mintirdiste [Plus-value]
spécifier la distance minimale des TIR (par défaut : 500)
-maxtirdiste [Plus-value]
spécifier la distance maximale des TIR (par défaut : 10000 XNUMX)
-tapis [Plus-value]
spécifier matchscore pour extension-alignment (par défaut : 2)
-mis [Plus-value]
spécifiez le score d'incompatibilité pour l'alignement d'extension (par défaut : -2)
-ins [Plus-value]
spécifier le score d'insertion pour l'alignement d'extension (par défaut : -3)
-de la [Plus-value]
spécifier le score de suppression pour l'alignement d'extension (par défaut : -3)
-xdrop [Plus-value]
spécifiez xdropbelowscore pour l'alignement d'extension (par défaut : 5)
-similaire [Plus-value]
spécifier le seuil de similarité TIR dans la plage [1..100%] (par défaut : 85.000000)
-chevauchements [ ]
spécifiez no|best|plus long|all (par défaut : best)
-menthesd [Plus-value]
spécifier la longueur minimale pour chaque TSD (par défaut : 2)
-maxtsd [Plus-value]
spécifier la longueur maximale pour chaque TSD (par défaut : 11)
-vic [Plus-value]
préciser le nombre de nucléotides (à gauche et à droite) qui seront recherchés
pour les TSD autour des limites de 5' et 3' des TIR prévus (par défaut : 60)
-hmm
modèles de profil HMM pour la détection de domaine (séparés par des espaces, terminer par --) dans HMMER3
format Omettez cette option pour désactiver la recherche pHMM.
-pdomevalcutoff [Plus-value]
valeur seuil E globale pour la recherche pHMM par défaut 1E-6
-pdomcoupure [ ]
seuil de score spécifique au modèle choisir parmi TC (seuil de confiance) | AG (coupure de collecte) |
AUCUN (pas de seuil) (par défaut : GA)
-maxgaplen [Plus-value]
taille maximale autorisée de l'espace entre les fragments (en acides aminés) lors de l'enchaînement des coups pHMM
pour un domaine protéique (par défaut : 50)
-réfseqs [un magnifique]
spécifiez le nom des séquences de gènes à rechercher pour les candidats internes (par défaut :
indéfini)
-seqids [oui|non]
utiliser des descriptions de séquence au lieu de numéros de séquence dans la sortie GFF3 (par défaut : oui)
-md5 [oui|non]
ajouter des hachages MD5 aux seqids dans la sortie GFF3 (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter
-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
DE LA LIGNE BOGUES
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