Il s'agit de la commande hmm-assembler.pl qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmm-assembler.pl - Module SNAP hmm-assembler.pl
SYNOPSIS
hmm-assembleur.pl [-OPTIONS [-PLUS D'OPTIONS]] [--] [PROGRAMME_ARG1 ...]
OPTIONS
Le Abonnement caractère unique Options sommes-nous accepté:
Avec argumentation : -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Booléen (sans arguments) : -r -o -x -p -t -1
Les options peuvent être fusionnées. -- arrête le traitement des options. L'espace n'est pas requis
entre les options et leurs arguments.
Options :
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] inclut le modèle 3'UTR, nécessite -a
-a [] inclut le modèle PolyA, nécessite -3
-5 [] comprend 5'UTR moel, nécessite -p
-p inclure un modèle de promoteur générique, nécessite -5
-r inclure le modèle de répétition générique
-o inclure le modèle ORF inversé
-x utiliser un modèle d'intron à durée explicite
-t inclure le trans-épissage de C.elegans, nécessite -p, -5
-Z définit des valeurs spécifiques au clade (ver, mouche, plante)
-1 modèle à gène unique
-c
inclure le modèle de donneur d'épissure GC-AG
Utilisez hmm-assembler.pl en ligne en utilisant les services onworks.net
