hmmer - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

HMMER - profil HMMs pour l'analyse de séquences biologiques

SYNOPSIS

hmmaligner
Aligner les séquences sur un profil

hmmconstruire
Construire des profils à partir de plusieurs alignements de séquences

hmmconvertir
Convertir le fichier de profil en divers formats HMMER et non-HMMER

hummmit
Exemples de séquences à partir d'un profil

hmmfetch
Récupérer les HMM de profil à partir d'un fichier

hmmpgmd
Démon utilisé pour le serveur Web hmmer.org, pour la recherche de type phmmer, hmmsearch et hmmscan

hummpress
Préparer une base de données HMM pour hmmscan

hmmscan
Rechercher des séquences de protéines dans une base de données de profils de protéines

hmmrecherche
Rechercher des profils de protéines par rapport à une base de données de séquences de protéines

hummm
Collecter les distributions de score de profil sur des séquences aléatoires

hmmstat
Statistiques récapitulatives pour un fichier de profil

jackhmmer
Recherche itérative d'une séquence protéique par rapport à une base de données de séquences protéiques

nhmmer
Recherche de séquence(s) nucléotidique(s), d'alignement(s) ou de profil(s) par rapport à une séquence nucléotidique
base de données

nhmmscan
Rechercher des séquences nucléotidiques dans une base de données de profils nucléotidiques

phmmer
Rechercher une ou plusieurs séquences de protéines dans une base de données de séquences de protéines

DESCRIPTION

HMMER est une suite de plusieurs programmes pour l'alignement de séquences biologiques et la base de données
recherche d'homologie. Il utilise des modèles probabilistes appelés « modèles de Markov cachés de profil »
(profil HMMs) pour représenter les homologues évolutifs probables d'une seule séquence ou d'un
alignement multiple d'une famille de séquences. L'une des principales pistes de recherche est d'améliorer la
modèles prédictifs évolutifs dans HMMER pour pouvoir reconnaître et aligner avec précision
homologues de plus en plus éloignés, distants dans le temps.

HMMER est également utilisé comme outil d'organisation, pour regrouper le nombre exponentiel de
séquences biologiques dans un ensemble beaucoup plus petit de familles de séquences bien annotées. Nouveau
les séquences peuvent être annotées par comparaison avec des bases de données de familles de séquences organisées de
profils HMMER prédéfinis, en plus ou à la place de la comparaison à l'ensemble de la séquence
base de données. Des bases de données telles que Pfam, SMART et TIGRfams, entre autres, sont basées sur ce
principe.

HMMER est utilisé dans trois modes principaux : pour rechercher dans une base de données de séquences de nouveaux homologues d'un
séquence ou une famille de séquences; rechercher une base de données de profils (comme Pfam) pour trouver ce que l'on sait
famille à laquelle appartient une séquence de requête, ou à quels domaines elle appartient ; et de construire automatiquement
grands alignements multiples (c'est-à-dire avec un nombre effectivement illimité de séquences) en utilisant un
profil représentatif d'une famille de séquences.

Supposons que vous ayez un alignement de séquences multiples d'une famille de séquences d'intérêt et que vous
souhaitez rechercher dans une base de données de séquences des homologues supplémentaires. Les hmmconstruire le programme construit
profil(s) de plusieurs alignements. Les hmmrecherche le programme recherche le(s) profil(s) de protéine(s)
par rapport à une base de données de séquences de protéines, et nhmmer recherche le(s) profil(s) de nucléotides par rapport à un
base de données de séquences nucléotidiques.

Supposons que vous ayez une seule séquence d'intérêt et que vous souhaitiez rechercher une base de données de séquences
pour des homologues supplémentaires. Les phmmer programme recherche une séquence de protéine unique par rapport à un
base de données de séquences de protéines. Les jackhmmer programme fait la même chose mais de manière itérative --
les homologues détectés lors d'un tour précédent sont incorporés dans un nouveau profil, et le nouveau
le profil est à nouveau recherché. phmmer est utilisé comme BLASTP, et jackhmmer est utilisé comme un
protéine PSI-BLAST. Les nhmmer programme recherche une seule séquence nucléotidique par rapport à un
séquence nucléotidique.

Supposons que vous ayez des séquences que vous souhaitez analyser à l'aide d'un profil HMM basé sur HMMER
base de données comme Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). La hummpress programme formate un profil HMM
flatfile (comme le fichier que vous téléchargeriez de Pfam) dans une base de données binaire HMMER.
Le manuel de formation hmmscan le programme recherche la ou les séquences protéiques dans cette base de données. Les nhmmscan
programme peut de même rechercher des séquences nucléotidiques dans une base de données pressée de
profils de nucléotides, tels que de Dfam (http://dfam.janelia.org).

Supposons que vous vouliez aligner de nombreuses séquences. Vous pouvez construire un petit
alignement d'un ensemble représentatif de séquences, construire un profil avec hmmconstruire, et utilisez le
hmmaligner programme pour aligner un nombre quelconque de séquences sur ce profil.

HMMER comprend également des outils auxiliaires pour travailler avec de grandes bases de données de profils.
hmmfetch récupère un ou plusieurs profils dans une base de données. hmmstat imprime des statistiques récapitulatives
à propos d'un fichier de profil.

Pour la compatibilité avec d'autres logiciels de profil et les versions précédentes de HMMER, le
hmmconvertir programme convertit les profils en quelques autres formats. Nous avons l'intention d'ajouter plus de support
pour d'autres formats au fil du temps.

Le manuel de formation hummmit programme génère (simule) des séquences "homologues" par échantillonnage à partir d'un
profil. Il peut aussi générer une séquence "consensuelle".

Le manuel de formation hummm programme est un simulateur utilisé pour collecter des statistiques sur les distributions de scores
sur des séquences aléatoires.

Chaque programme a sa propre page de manuel.

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