HPCdaligner - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

HPCdaligner - générer un script à exécuter daligner(1)

SYNOPSIS

Aligneur HPC [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edouble(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msuivre]+ [-dalint(4)] [-degint(25)] chemin:db|dam
[premier:int[-dernier:int]]

DESCRIPTION

Aligneur HPC écrit un script shell UNIX sur la sortie standard qui consiste en une séquence
des commandes qui s'exécutent efficacement daligner(1) sur toutes les paires de blocs d'une base de données divisée
et les trie et les fusionne ensuite en externe à l'aide de LAsortde Géographie (1) et avec la LAmerge(1) dans une collection
des fichiers d'alignement avec des noms chemin.#.las où # varie de 1 au nombre de blocs
La base de données est divisée en plusieurs fichiers. Ces fichiers triés sont concaténés, par exemple LAcat(1) contiendrait
tous les alignements dans l'ordre trié (de lecture a, puis de lecture b, et ainsi de suite). De plus, tous
les chevauchements pour une lecture donnée sont garantis de ne pas être répartis sur plusieurs fichiers, de sorte que l'on peut exécuter
analyseurs d'artefacts ou correction d'erreurs sur chaque fichier trié en parallèle.

La base de données doit avoir été préalablement divisée par Division de la base de données(1) et tous les paramètres, sauf
-v, -dalet -deg, sont transmis aux appels à daligner(1). Les valeurs par défaut pour
ces paramètres sont comme pour daligner(1). le -v le drapeau, pour le mode verbeux, est également passé à
tous les appels à LAsortde Géographie (1) et avec la LAmerge (1). -dal et -deg les options sont décrites plus loin.

Pour une base de données divisée en N sous-blocs, les appels à daligner(1) produira au total
2 fichiers TN^2 .las en supposant que daligner s'exécute avec T threads. Ceux-ci seront ensuite triés et
fusionnés en N^2 fichiers .las triés, un pour chaque paire de blocs. Ceux-ci sont ensuite fusionnés
ceil(log_deg N) phases où le nombre de fichiers diminue géométriquement en -deg jusqu'au
Il y a un fichier par ligne de la matrice de blocs N x N. On obtient donc N fichiers .las triés.
fichiers qui, une fois concaténés, donneraient un seul grand fichier de chevauchement trié.

Le manuel de formation -dal l'option (par défaut 4) donne le nombre souhaité de comparaisons de blocs par appel à
daligner(1). Certains doivent contenir à partir de-1 comparaisons, et la première à partir de-2 comparaisons de blocs
encore moins, mais le Aligneur HPC "planner" fait de son mieux pour donner une charge moyenne de
comparaisons de blocs dal par commande. Le -deg l'option (par défaut 25) donne le nombre maximum
de fichiers qui seront fusionnés en un seul LAmerge(1) commande. Le planificateur fait le maximum
arbre k-aire pair de fusions, où le nombre de niveaux est ceil(log_deg N).

Si les entiers premier et dernier sont manquants, alors le script produit est pour chaque bloc dans
la base de données. Si premier est présent, alors Aligneur HPC produit un script incrémental qui
compare les blocs premier à travers dernier (dernier = premier si non présent) les uns contre les autres et
tous les blocs précédents 1 à premier-1, puis met à jour de manière incrémentielle les fichiers .las pour
blocs 1 à premier-1, et crée les fichiers .las pour les blocs premier à travers dernier.

Chaque ligne de commande UNIX générée par le Aligneur HPC peut être un travail par lots (nous utilisons le &&
opérateur permettant de combiner plusieurs commandes sur une seule ligne. Dépendances entre
les tâches peuvent être maintenues simplement en exécutant d'abord tous les daligner(1) emplois, puis tous les
tâches de tri initiales, puis toutes les tâches de chaque phase du tri par fusion externe.
de ces phases est séparée par une ligne de commentaire informative pour votre script
commodité.

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