htseq-qa - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

htseq-qa - Effectue une évaluation simple de la qualité des lectures de séquençage à haut débit

Le script Python htseq-qa prend un fichier avec des lectures de séquençage (brutes ou alignées
lectures) et produit un fichier PDF avec des tracés utiles pour évaluer la qualité technique d'un passage.

TERRAIN

Voici une intrigue typique : [image]

Le tracé est réalisé à partir d'un fichier SAM, qui contenait des lectures alignées et non alignables. La gauche
colonne est faite à partir des non-alignés, la colonne de droite à partir des lectures alignées. L'en-tête
vous informe sur le nom du fichier SAM, et le nombre de lectures.

La ligne supérieure montre à quelle fréquence la base a été appelée pour chaque position dans la lecture. Dans ce
échantillon, les lectures non alignables ont un net excès en A. Les lectures alignées ont un équilibre
entre les lectures complémentaires : A et C (couleurs rougeâtres) ont des niveaux égaux, de même que C et
G (couleurs verdâtres). Les séquences semblent être riches en AT. De plus, presque tous alignés
les lectures commencent par un T, suivi d'un A, puis d'un C dans 70 % et d'un A dans 30 % des lectures.
Un tel déséquilibre serait préoccupant s'il n'a pas de bonne explication. Ici le
La raison en est que la fragmentation de l'échantillon a été effectuée par digestion enzymatique.

La moitié inférieure montre l'abondance des scores de qualité d'appel de base aux différentes positions
dans la lecture. Presque toutes les lectures alignées ont une qualité de 34 sur toute leur longueur, tandis que
pour les lectures non alignées, certaines lectures ont des scores de qualité inférieurs vers leurs extrémités.

UTILISATION

Notez que htseq-qa a besoin de matplotlib pour produire l'intrigue, vous devez donc l'installer
module, comme décrit here sur le site matplotlib.

Après avoir installé HTSeq (voir installer) et matplotlib, vous pouvez exécuter htseq-qa du
ligne de commande:

htseq-qa [options] lire_fichier

Si le fichier htseq-qa n'est pas sur votre chemin, vous pouvez également appeler le script avec

python -m HTSeq.scripts.qa [options] lire_fichier

Le lire_fichier est soit un fichier FASTQ, soit un fichier SAM. Pour un fichier SAM, un tracé avec deux
colonnes est produit comme ci-dessus, pour un fichier FASTQ, vous n'obtenez qu'une seule colonne.

La sortie est écrite dans un fichier portant le même nom que lire_fichier, avec le suffixe . Pdf
ajoutée. Visualisez-le avec une visionneuse PDF telle qu'Acrobat Reader.

Options
-t , --type=
Le type de fichier du lire_fichier. Valeurs prises en charge pour sont:

· sam: un fichier SAM (notez que le Outils SAM contiennent des scripts Perl pour convertir la plupart
formats d'alignement sur SAM)

· solexa-export: un _export.txt fichier tel que produit par le logiciel SolexaPipeline
après s'être aligné avec Eland (htseq-qa attend le nouveau codage de qualité Solexa comme
produit par la version 1.3 ou plus récente du SolexaPipeline)

· rapide: un fichier FASTQ avec un encodage de qualité standard (Sanger ou Phred)

· solexa-fastq: un fichier FASTQ avec encodage de qualité Solexa, tel que produit par le
SolexaPipeline après base-call avec Outarde (htseq-qa attend le nouveau Solexa
encodage de qualité tel que produit par la version 1.3 ou plus récente du SolexaPipeline)

-o , --outfile=
nom du fichier de sortie (la valeur par défaut est ``.pdf``)

-r , --readlength=
la longueur de lecture maximale (lorsqu'elle n'est pas spécifiée, le script devine à partir du fichier

-g , --gamma=
le facteur gamma pour l'ajustement du contraste du tracé du score de qualité

-n, --nosplit
ne pas diviser les lectures en lectures non alignées et alignées, c'est-à-dire produire un tracé à une colonne

-m, --maxqual
le score de qualité maximum qui apparaît dans les données (par défaut : 40)

-h, --Aidez-moi
Afficher un résumé d'utilisation et quitter

Utilisez htseq-qa en ligne à l'aide des services onworks.net