idba - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler pour les données de séquençage hybride

SYNOPSIS

idba_hybride -r lire.fa -o rép_sortie [--référence réf.fa]

DESCRIPTION

IDBA-Tran est un assembleur itératif De Bruijn Graph De Novo à lecture courte pour le transcriptome.
Il s'agit d'un assembleur purement de novo basé uniquement sur des lectures de séquençage d'ARN. IDBA-Tran utilise
assemblage pour reconstruire les k-mers manquants dans les transcrits faiblement exprimés, puis emploie
coupure progressive sur les contigs pour séparer le graphique en composants. Chaque composant
correspond à un gène dans la plupart des cas et contient peu de transcrits. Une heuristique
Un algorithme basé sur des lectures de paires est ensuite utilisé pour trouver les isoformes.

OPTIONS

-o, --dehors arg (=hors)
répertoire de sortie

-r, --lire arg
fichier de lecture rapide (<=128)

--read_level_2 arg
lectures appariées fasta pour les échafaudages de deuxième niveau

--read_level_3 arg
lectures appariées fasta pour les échafaudages de troisième niveau

--read_level_4 arg
lectures appariées fasta pour les échafaudages de quatrième niveau

--read_level_5 arg
lectures appariées fasta pour les échafaudages de cinquième niveau

-l, --long_read arg
fasta fichier longue lecture (>128)

--référence arg
génome de référence

--vison argument (=20)
valeur k minimale (<=124)

--maxk argument (=100)
valeur k maximale (<=124)

--étape argument (=20)
incrément de k-mer de chaque itération

--inner_mink argument (=10)
valeur k minimale interne

--inner_step argument (=5)
incrément intérieur de k-mer

--préfixe argument (=3)
longueur de préfixe utilisée pour construire la table sub k-mer

--min_count argument (=2)
multiplicité minimale pour filtrer le k-mer lors de la construction du graphe

--min_support argument (=1)
support minimum à chaque itération

--num_threads argument (=0)
le nombre de fils

--seed_kmer argument (=30)
taille de la graine pour l'alignement

--min_contig argument (=200)
taille minimale du contig

--min_région argument (=500)
taille minimale de la région dans le génome de référence

--similaire argument (=0.95)
similitude pour l'alignement

--max_mismatch argument (=3)
décalage maximal de la correction d'erreur

--min_pairs argument (=3)
nombre minimum de paires

--max_gap argument (=50)
écart maximal de référence

--no_local
ne pas utiliser l'assemblage local

--pas de couverture
ne pas itérer sur la couverture

--no_correct
ne pas corriger

--pre_correction
effectuer une pré-correction avant l'assemblage

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