indigo-depict - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

indigo-depict - utilitaire de rendu des molécules et des réactions

SYNOPSIS

indigo-représenter infile.{mol,rxn,cml,smi} fichier de sortie.{png,svg,pdf} [paramètres]

indigo-représenter infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [paramètres]

indigo-représenter fichier infile.smi fichier de sortie.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [paramètres]

indigo-représenter - Nos fichier de sortie.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [paramètres]

indigo-représenter -Aide

DESCRIPTION

indigo-représenter est utilisé pour représenter des molécules.

OPTIONS

indigo-représenter peut lire les fichiers d'entrée ou le code SMILES à partir de l'entrée standard. Ceux-ci peuvent être
suivi d'un ou plusieurs des paramètres suivants.

-w
Largeur de l'image en pixels

-h
Hauteur de l'image en pixels

-lier
Longueur de liaison moyenne en pixels

-marges
Marges horizontales et verticales, en pixels. Pas de marges par défaut

-épaisseur
Définir le facteur d'épaisseur relative. La valeur par défaut est 1.0

-largeur de ligne
Définissez le facteur de largeur de la ligne de liaison. La valeur par défaut est 1.0

-étiquette
Définir le mode d'affichage de l'étiquette de l'atome. La valeur par défaut est terminal-hétéro

-hydraulique
Afficher les hydrogènes implicites. La valeur par défaut est on

-[de]arôme
Forcer la [dé]aromatisation

-stéréo
Mode d'affichage des stéréogroupes. La valeur par défaut est et les sites anciens

-cdbwsa
Centrer les doubles liaisons qui ont une liaison stéréo adjacente (désactivée par défaut)

-mettre en doute Traiter l'entrée comme une molécule de requête ou une réaction (désactivée par défaut)

-intelligents
Traiter l'entrée comme une molécule de requête ou une réaction SMARTS (désactivée par défaut)

-idfield
Champ SDF/RDF à mettre à la place de '%s' dans les noms des fichiers sauvegardés (la valeur par défaut est
molécule/numéro de réaction)

-catalyseurs
Placement des catalyseurs de réaction par rapport à la flèche. La valeur par défaut est ci-dessus et ci-dessous

-commenter
Commentaire texte à mettre au dessus de la molécule ou de la réaction. Aucune valeur par défaut

-commentoffset
Espace vertical (en pixels) entre le commentaire et la structure

-champ de commentaire
Utiliser le champ SDF/RDF spécifié comme commentaire

-nom du commentaire
Utiliser le nom de la molécule/de la réaction comme commentaire

-taille des commentaires
Facteur de taille de police du commentaire de texte par rapport à l'épaisseur de la liaison. La valeur par défaut est 6

-commentos
Position du commentaire de texte (en bas par défaut)

-commentalign <0..1>
Alignement du commentaire de texte, une valeur flottante : 0 = gauche, 0.5 = centre, 1 = droit

-coloration
Activer/désactiver la coloration. La valeur par défaut est on

-hlépais
Activer la surbrillance avec des lignes épaisses et des caractères gras

-hlcouleur
Activez la surbrillance avec la couleur. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-bgcolor
Définissez la couleur d'arrière-plan. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-couleur de base
Définissez la couleur de premier plan par défaut. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-aamcolor
Définissez la couleur des index AAM. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-dsgcolor
Définissez la couleur des données SGroups. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-commentcolor
Définissez la couleur du commentaire. Les valeurs des composants doivent être comprises dans la plage [0 .. 255]

-nombres d'atomes
Afficher les numéros d'atome (à des fins de débogage uniquement)

-numéros d'obligations
Afficher les numéros de liaison (à des fins de débogage uniquement)

-basé sur un
Démarrez les indices d'atomes et d'obligations à partir d'un. La valeur par défaut est de zéro

-Aide Imprimer ce message d'aide

EXEMPLES

indigo-représenter fichier.mol fichier de sortie.png -coloration de rabais -arom
indigo-représenter base de données.sdf molécule_%s.png -idfield cdbregno -épaisseur 1.1
indigo-représenter base de données.smi base de données.sdf
indigo-représenter - CC.[O-][*-]([O-])=O requête.png -mettre en doute
indigo-représenter - OCO>>CC(C)N réaction.rxn

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