Il s'agit de l'insegt de commande qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
insegt - données de séquençage de la deuxième génération d'INsection avec annotation
SYNOPSIS
encart [OPTIONS]
DESCRIPTION
INSEGT est un outil pour analyser les alignements de lectures RNA-Seq (single-end ou paired-end)
en utilisant des annotations génétiques.
L'entrée de l'INSEGT est un fichier SAM contenant les alignements et un fichier contenant les
annotations du génome de référence, au format GFF ou GTF.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
Options : :
-ro, --read-sortie DOSSIER
Nom du fichier de sortie pour la lecture en sortie, qui contient les annotations mappées suivies de
leur annotation parentale. Le type de fichier valide est : gff.
-à, --anno-sortie DOSSIER
Nom du fichier de sortie pour anno-output, qui contient les annotations similaires au GFF
entrée et en plus le nombre de lectures mappées et l'expression normalisée
niveaux en RPKM. Le type de fichier valide est : gff.
-à, --tuple-sortie DOSSIER
Nom de fichier de sortie pour tuple-output, qui contient des tuples exon connectés par des lectures ou
paires de partenaires. Le type de fichier valide est : gff.
-fo, --fusion-sortie STR
Nom de fichier de sortie pour la sortie de fusion, qui contient le tuple d'exons des fusions de gènes
(Option avancée, actuellement pas de port de sortie pour KNIME). L'un des gff.
-n, --ntuple INT
nuplet Par défaut : 2.
-o, --offset-intervalle INT
Décalage sur des intervalles d'alignement courts pour la recherche. Par défaut : 5.
-t, --seuil-écarts INT
Seuil pour les lacunes autorisées dans l'alignement (pas les introns). Par défaut : 5.
-c, --seuil-compte INT
Seuil pour min. nombre de tuples pour la sortie. Par défaut : 1.
-r, --seuil-rpkm DOUBLE
Seuil pour min. RPKM de tuple pour la sortie. Par défaut : 0.0.
-m, --max-tuple
Créez uniquement maxTuple (qui sont couverts par l'ensemble de la lecture).
-e, --exact-ntuple
Créez uniquement un tuple de longueur exacte n. Par défaut, tous les tuples jusqu'à la longueur donnée
sont calculés (si -m est réglé, -e sera ignoré).
-u, --orientation-inconnue
L'orientation des lectures est inconnue.
EXEMPLES
encart
exemple/alignements.sam exemple/annotations.gff
Exécutez INSEGT sur des exemples de fichiers avec les paramètres par défaut.
encart -m exemple/alignements.sam exemple/annotations.gff
Exécutez INSEGT sur des exemples de fichiers et ne calculez que maxTuple.
encart -c 2 exemple/alignements.sam exemple/annotations.gff
Exécutez INSEGT sur des exemples de fichiers et ne sortez que le tuple avec un min. compte de 2.
VERSION
Insegt version : 1.0 Dernière mise à jour 2012-09-11
Utilisez insertt en ligne en utilisant les services onworks.net
