Il s'agit de la commande khmer qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
khmer - comptage k-mer, filtrage et parcours graphique FTW !
khmer est une bibliothèque et une boîte à outils pour effectuer des analyses et des transformations de jeux de données basés sur k-mer
SYNOPSIS
khmer [choix] args
par exemple.
khmer chargement en comptage -x 1e8 -k 20 lectures.ct lectures.fa.gz
UTILISATION
Cette page de manuel décrit uniquement le khmer script d'emballage. Pour découvrir le logiciel et
comment l'utiliser s'il vous plaît voir /usr/share/doc/khmer ou bien http://khmer.readthedocs.org/.
Sur Debian/Ubuntu, les responsables de paquets évitent de mettre directement de grandes collections de scripts
dans le système PATH. Au lieu de cela, un seul script wrapper est utilisé pour lancer le script que vous
voulez utiliser; donc si les instructions khmères disent de courir charger-en-comptage.py
...peu importe... vous devez préfixer cette commande avec khmer. De plus, l'extension .py
peut être omis, ce qui entraîne une commande du format indiqué ci-dessus.
Si vous n'aimez pas cela, ajoutez simplement /usr/lib/khmer/bin à votre PATH personnel.
Utilisez le khmer en ligne en utilisant les services onworks.net
