Il s'agit de la commande kmer-mask qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kmer-mask - masque et filtre un ensemble de séquences nucléotidiques par contenu kmer
SYNOPSIS
kmer-masque {-roman|-confirmé} [-mdb mer-base de données] [-SP mer-taille] [-edb base-de-données-exister] [-m
taille minimale] [-e taille d'extension] [-seuil bas l] [-seuil haut h] [-t discussions] [-v] [-h
histogramme] [-promouvoir|-rétrograder|-Jeter] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o préfixe de sortie
DESCRIPTION
Masque et filtre l'ensemble des séquences (présumées être lues) par contenu kmer. Le masquage peut être
fait pour conserver la nouvelle séquence qui n'est pas dans la base de données, ou pour conserver la séquence confirmée présente
dans la base de données. Le filtrage séparera les séquences entièrement, partiellement ou non masquées.
OPTIONS
-mdb mer-base de données
masquage de charge kmers de Meryl(1) mer-base de données
-SP mer-taille
-edb base-de-données-exister
enregistrer le masquage des kmers sur un existeDB(1) fichier base-de-données-exister pour des redémarrages plus rapides
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
l'entrée lit les fichiers au format fastq, fastq.gz, fastq.bz2 ou fastq.xz. La seconde est
facultatif, mais perturbe la classification de sortie s'il n'est pas présent.
-o ande
préfixe pour les lectures de sortie
ande.entièrement masqué.[12].fastq
lit avec les bases de « seuil bas » ci-dessous conservées
ande.partiellement masqué.[12].fastq
se lit entre
ande.retenu.[12].fastq
lectures avec plus de bases « hightreshold » conservées
ande.jeté.[12].fastq
lit avec un statut conflictuel
-m taille minimale
ignorer les accès à la base de données en dessous de ce nombre de kms consécutifs (0)
-e étendre-taille
étendre les accès à la base de données à ce nombre de kmers manquants (0)
-roman CONSERVER la nouvelle séquence non présente dans la base de données
-confirmé
CONSERVER la séquence confirmée présente dans la base de données
-promouvoir
promouvoir la lecture la moins RETENUE au statut de la lecture la plus RETENUE
read1=Fullymasked et read2=partiallymasked -> les deux sont partiellement masqués
-rétrograder
rétrograder la lecture la plus RETENUE au statut de la lecture la moins RETENUE
read1=Fullymasked et read2=partiallymasked -> les deux sont entièrement masqués
-Jeter
rejeter les paires avec un état conflictuel (DEFAULT) read1=Fullymasked et
read2=partiellement masqué -> les deux sont ignorés
stats on stderr, nombre of séquences avec montant RETENU :
-seuil bas t
(0.3333)
-seuil haut t
(0.6667)
-h histogramme
écrire un histogramme de la quantité de séquence RETENUE
-t t utilisé t threads de calcul
-v montrer les progrès
Utiliser kmer-mask en ligne en utilisant les services onworks.net
