Il s'agit de la commande kraken qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kraken - attribuer des étiquettes taxonomiques à de courtes séquences d'ADN
SYNOPSIS
Kraken [Options]
OPTIONS
--db Nom
Nom pour Kraken DB (par défaut : aucun)
--threads NUM
Nombre de threads (par défaut : 1)
--fasta-entrée
L'entrée est au format FASTA
--entrée fastq
L'entrée est au format FASTQ
--gzip-compressé
L'entrée est compressée avec gzip
--bzip2-compressé
L'entrée est compressée en bzip2
--rapide
Opération rapide (utilisez le premier coup ou les coups)
--min-clics NUM
En opération rapide, nombre de résultats requis pour la classification REMARQUE : ceci est ignoré si
--rapide n'est pas spécifié
--non classé NOM DE FICHIER
Imprimer les séquences non classées dans le nom du fichier
--classifié-out NOM DE FICHIER
Imprimer les séquences classées dans le nom du fichier
--output NOM DE FICHIER
Imprimer la sortie vers le nom du fichier (par défaut : stdout) ; "-" supprimera la sortie normale
--seulement-sortie-classifiée
N'imprime aucune sortie Kraken pour les séquences non classées
--précharger
Charge la base de données en mémoire avant la classification
--apparié
Les deux noms de fichiers fournis sont des lectures appariées
--vérifier-noms
Assurez-vous que chaque paire de lectures a des noms qui s'accordent les uns avec les autres ; ignoré si
--apparié n'est pas spécifié
--Aidez-moi Imprimer ce message
--version
Imprimer les informations sur la version
Si aucun des indicateurs *-input ou *-compressed n'est spécifié et que le fichier est un
fichier, la détection automatique du format est tentée.
Utilisez kraken en ligne en utilisant les services onworks.net
