Il s'agit de la dernière commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
lastal - comparaison à l'échelle du génome de séquences biologiques
SYNOPSIS
dernier [Options] nom_base_de_famille fichier(s) de séquence fasta
DESCRIPTION
Trouver des alignements de séquences locales.
Options de score (paramètres par défaut) : -r: score du match (ADN : 1, 0 -q: coût de non-concordance
(ADN : 1, 0 -p: matrice de score de correspondance/mismatch (protéine-protéine : BL62, ADN-protéine :
BL80) -a: coût d'existence de l'écart (ADN : 7, protéine : 11, 0 -b: coût d'extension de l'écart (ADN :
1, protéine : 2, 0 -A: coût d'existence d'insertion (a) -B: coût de l'extension d'insertion
(B) -c: coût de la paire de résidus non alignés (désactivé) -F: coût du frameshift (désactivé) -x: baisse de score maximale
pour les alignements espacés (max[y, e-1]) -y: baisse de score maximale pour les alignements sans espace (t*10)
-z : baisse de score maximale pour les alignements finals espacés (x) -d: score minimum pour le sans écart
alignements (min[e, t*ln(1000*refSize/n)]) -e: score minimum pour les alignements espacés
Options de valeur E (paramètres par défaut) : -D: lettres de requête par alignement aléatoire (1e+06) -E:
alignements maximum attendus par giga carré (1e+18/D/refSize/numOfStrands)
Options cosmétiques (paramètres par défaut) : -h, --Aidez-moi: afficher toutes les options et leur valeur par défaut
paramètres et quitter -V, --version: afficher les informations de version et quitter -v: être verbeux : écrire
messages sur ce que fait Lastal -f: format de sortie : TAB, MAF, BlastTab (MAF)
Options diverses (paramètres par défaut) : -s: brin: 0=inverse, 1=avant, 2=les deux (2 pour
ADN, 1 pour la protéine) -S: la matrice de score s'applique au brin avant de : 0=référence, 1=requête
(0) -T: type d'alignement : 0=local, 1=chevauchement (0) -m: correspondances initiales maximales par requête
poste (10) -l: durée minimale des matchs initiaux (1) -L: longueur maximale pour l'initiale
correspondances (infini) -n: alignements sans espace maximum par position de requête (infini si m=0,
sinon m) -C: omettre les alignements sans espace dans >= C autres avec > score par longueur (désactivé) -K: omettre
alignements dont la plage de requête se situe dans >= K autres avec > score (off) -k: pas le long
la séquence de requête (1) -i : taille du lot de requête (8 Kio, sauf s'il y a > 1 thread ou lastdb
le volume) -P: nombre de fils parallèles (1) -R: options de repérage (les mêmes que celles
utilisé pour lastdb) -u: masquer les minuscules lors des extensions : 0=jamais, 1=gapless,
2=gapless+gapped mais pas final, 3=toujours (2 si lastdb -c et Q<5, sinon 0)
-w: supprime les répétitions à l'intérieur des correspondances exactes, décalée de <= cette distance (1000) -G: génétique
fichier de codes -t: 'température' pour le calcul des probabilités (1/lambda) -g: paramètre 'gamma'
pour gamma-centroïde et LAMA (1) -j: type de sortie : 0 = nombre de correspondances, 1 = sans espace, 2 = redondant
écarté, 3=écarté,
4 = estimations de l'ambiguïté de la colonne, 5 = gamma-centroïde, 6 = LAMA, 7 = nombres attendus (3)
-Q: format d'entrée : 0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina,
4=prb, 5=PSSM (0)
DE LA LIGNE BOGUES
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DERNIÈRE page d'accueil : http://last.cbrc.jp/
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