Il s'agit de la commande load_genbankp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
load_genbank.pl - Charge une base de données Bio::DB::GFF à partir de fichiers GENBANK.
SYNOPSIS
% load_genbank.pl -d genbank -f fichier local.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
REMARQUE : le script bp_genbank2gff.pl dans la distribution BioPerl est le même que ce script.
DESCRIPTION
Ce script charge une base de données Bio::DB::GFF avec les fonctionnalités contenues dans un fichier local
genbank ou une accession qui est récupérée de genbank. Diverses options de ligne de commande
vous permettent de contrôler quelle base de données charger et d'autoriser ou non une base de données existante à
être écrasé.
Ce script n'utilise actuellement que MySQL, bien qu'il s'agisse d'une preuve de principe et pourrait facilement
être étendu pour fonctionner avec d'autres RDMS pris en charge par GFF via des adaptateurs.
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
Les options de ligne de commande peuvent être abrégées en options à une seule lettre. par exemple -d au lieu de
--base de données.
--create Force la création et l'initialisation de la base de données
--dsn Source de données (par défaut dbi:mysql:test)
--utilisateur Nom d'utilisateur pour l'authentification mysql
--passe Mot de passe pour l'authentification mysql
--Procuration Serveur proxy à utiliser pour l'accès à distance
--file Les arguments qui suivent sont les noms de fichiers Genbank/EMBL (par défaut)
--accession Les arguments qui suivent sont les numéros d'accession genbank
--stdout Écrire le fichier GFF converti sur stdout plutôt que de le charger
Utilisez load_genbankp en ligne en utilisant les services onworks.net
