Il s'agit de la commande loadPulses qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
loadPulses - charge les informations d'impulsion de séquençage
SYNOPSIS
chargePulses basNomFichier cmpNomFichier [Options]
DESCRIPTION
chargePulses charge le séquençage des informations sur les impulsions telles que la distance ou la qualité entre les impulsions
informations dans le fichier cmp.h5. Cela permet d'analyser la cinétique et la qualité
informations par colonne d'alignement.
OPTIONS
basNomFichier
L'entrée {bas,pls}.h5 ou input.fofn.
cmpNomFichier
Le fichier cmp.h5 dans lequel charger les informations d'impulsion.
-métrique Plus-value
Une liste de métriques séparées par des virgules (sans espaces).
Les options valides sont :
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
LargeurInFrames, Lumière, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Les options par défaut sont :
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, LargeurInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Quittez si des champs de données manquent dans l'entrée bas.h5 ou pls.h5 qui sont
requis pour charger une métrique. Defualt est un avertissement.
-par lecture
Chargez les informations d'impulsion par lecture plutôt que par mise en mémoire tampon des métriques.
-bymétrique
Chargez les informations d'impulsion par métrique plutôt que par lecture. Cela utilise plus de mémoire que
-par lecture, mais peut être plus rapide.
-maxElements Plus-value
Définir une limite sur la taille du fichier pls/bas à mettre en mémoire tampon avec -bymétrique (valeur par défaut:
entier maximum). Utilisation -par lecture si la limite est dépassée.
-maxMémoire Plus-value
Fixez une limite (en Go) sur la mémoire pour mettre les données en mémoire tampon avec -bymétrique (valeur par défaut : 4
GB). Utilisation -par lecture si la limite est dépassée.
-métaNElements Plus-value
Définir le nombre d'éléments dans le cache de métadonnées pour la lecture du fichier bas/bax/pls.h5.
-rawNElementsPlus-value
Définit le nombre d'éléments dans le cache de données brutes pour la lecture du fichier bas/bax/pls.h5.
-rawChunkSize Plus-value
Définit la taille de bloc du cache de données brutes pour la lecture du fichier bas/bax/pls.h5.
Utilisez loadPulses en ligne à l'aide des services onworks.net
