Il s'agit de la commande ltrsift qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ltrsift - une interface graphique pour le post-traitement et la classification des LTR
candidats rétrotransposons
SYNOPSIS
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DESCRIPTION
LTRsift est un outil de bureau graphique pour le post-traitement semi-automatique des prédictions de novo
Annotations de rétrotransposon LTR, telles que celles générées par LTRharvest et LTRdigest.
CONFIGURATION
Les fichiers binaires LAST (lastal et lastdb) doivent être situés dans le chemin de recherche du système. Si ils
ne le sont pas, est-il possible de spécifier leur emplacement à l'aide de l'environnement "GT_LAST_PATH"
variable avant d'exécuter LTRsift. Il en va de même pour l'emplacement BLAST. Utilisation
« GT_BLAST_PATH » pour spécifier le chemin complet de l'exécutable « blastall ».
Les fichiers de style (décrivant à quoi ressemble le diagramme linéaire des caractéristiques candidates) peuvent être
défini via la variable d'environnement LTRSIFT_STYLE_FILE. Un style par défaut sensé est construit
dans LTRsift.
Utilisez ltrsift en ligne en utilisant les services onworks.net
