Il s'agit de la commande macs2 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
macs2 - macs2 - Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
DESCRIPTION
utilisation : macs2 [-h] [--version]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
macs2 -- Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
positionnel arguments:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
appel
Fonction MACS2 principale : Appelez les pics à partir des résultats d'alignement.
bdgpeakcall
Appelez les pics de la sortie bedGraph. Remarque : toutes les régions sur le même chromosome dans le
Le fichier bedGraph doit être continu afin que seuls les fichiers bedGraph de MACS2 soient
acceptable.
bdgbroadcall
Appelez des pics larges à partir de la sortie bedGraph. Remarque : toutes les régions sur le même chromosome dans
le fichier bedGraph doit être continu afin que seuls les fichiers bedGraph de MACS2 soient
acceptable.
bdgcmp Déduire le bruit en comparant deux pistes de signal dans bedGraph. Remarque : toutes les régions du
le même chromosome dans le fichier bedGraph doit être continu, donc seuls les fichiers bedGraph
de MACS2 sont acceptables.
bdgopt Opérations sur la colonne de score du fichier bedGraph. Remarque : Toutes les régions sur le même
le chromosome dans le fichier bedGraph doit être continu, donc seuls les fichiers bedGraph de
MACS2 sont acceptables.
cmbreps
Combinez les BEDGraphs des scores des réplicats. Remarque : Toutes les régions sur le même
le chromosome dans le fichier bedGraph doit être continu, donc seuls les fichiers bedGraph de
MACS2 sont acceptables.
bdgdiff
Détection différentielle des pics basée sur quatre fichiers bedgraph appariés. Remarque : toutes les régions
sur le même chromosome dans le fichier bedGraph doit être continu donc seul bedGraph
les fichiers de MACS2 sont acceptables.
filtrage
Supprimez les lectures en double à la même position, puis convertissez le format acceptable en BED
le format.
prédit
Prédisez d ou la taille du fragment à partir des résultats d'alignement. *Ne filtrera PAS les doublons*
pileup Pileup lectures alignées avec une taille d'extension donnée (taille de fragment ou d dans MACS
Langue). Notez qu'il n'y aura aucune étape pour le filtrage ou le séquençage des lectures en double
mise à l'échelle de la profondeur, vous devrez donc peut-être effectuer certains pré/post-traitement.
échantillon aléatoire
Échantillonnez au hasard le nombre/le pourcentage de lectures totales.
affiner la pointe
(Expérimental) Effectuez l'alignement des lectures brutes, affinez les sommets des pics et attribuez des scores
mesure de l'équilibre des balises waston/crick. Inspiré du SPP.
optionnel arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--version
afficher le numéro de version du programme et quitter
Pour les options de ligne de commande de chaque commande, tapez : macs2 COMMAND -h
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