mdrun_mpi_d.openmpi - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-mdrun - Effectuer une simulation, faire une analyse en mode normal ou une minimisation d'énergie

SYNOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-table [<.xvg>]]
[-tablette [<.xvg>]] [-table [<.xvg>]] [-tableb [<.xvg>]]
[-rediffusion [<.xtc/.trr/...>]] [-Oeuf [<.edi>]]
[-multirépertoire [ [...]]] [-membre [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-champ [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-pieux [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-dehors [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-si [<.xvg>]] [-échanger [<.xvg>]] [-defnm ]
[-xvg ] [-jj ] [-ddordre ]
[-npme ] [-NT ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Broche ] [-décalage des broches ]
[-pinsride ] [-gpu_id ] [-[non]ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no]tunepme]
[-[nov] [-[non]compact] [-pforce ] [-[pas] de reproduction]
[-cpt ] [-[non]cpnum] [-[non]ajouter] [-nétapes ]
[-maxh ] [-multi ] [-replexe ] [- suivant ]
[-ressemer ]

DESCRIPTION

Ce version of le Danse sera uniquement courir tout en en utilisant le OuvrirMPI parallèle informatique
bibliothèque. See mpirun (1). Utilisez le Ordinaire gmx(1) Danse en conventionnel monotrou
opérations.

gmx mdrun est le principal moteur de chimie computationnelle au sein de GROMACS. De toute évidence, il
effectue des simulations de dynamique moléculaire, mais il peut également effectuer des dynamiques stochastiques,
Minimisation d'énergie, insertion de particules de test ou (re)calcul d'énergies. Mode normal
l'analyse est une autre option. Dans ce cas mdrun construit une matrice de Hesse à partir d'un seul
conformation. Pour les calculs habituels de type Modes normaux, assurez-vous que la structure
fourni est correctement minimisé en énergie. La matrice générée peut être diagonalisée par gmx
nmeig.

Les mdrun le programme lit le fichier d'entrée d'exécution (-s) et distribue la topologie sur les rangs si
nécessaire. mdrun produit au moins quatre fichiers de sortie. Un seul fichier journal (-g) est écrit.
Le fichier trajectoire (-o), contient les coordonnées, les vitesses et éventuellement les forces. Les
fichier de structure (-c) contient les coordonnées et les vitesses de la dernière étape. L'énergie
déposer (-e) contient des énergies, la température, la pression, etc, beaucoup de ces choses sont
également imprimé dans le fichier journal. En option, les coordonnées peuvent être écrites dans un fichier compressé
fichier de trajectoire (-x).

L'option -dhdl n'est utilisé que lorsque le calcul de l'énergie libre est activé.

L'exécution efficace de mdrun en parallèle est un sujet complexe, dont de nombreux aspects sont
couverts dans le Guide de l'utilisateur en ligne. Vous devriez y chercher des conseils pratiques sur l'utilisation de nombreux
des options disponibles dans mdrun.

L'échantillonnage ED (dynamique essentielle) et/ou les potentiels d'inondation supplémentaires sont activés par
utilisant l' -Oeuf drapeau suivi d'un .edi fichier. le .edi fichier peut être produit avec le
make_edi ou en utilisant les options du menu essdyn du programme WHAT IF. mdrun
produit un .xvg fichier de sortie contenant des projections de positions, de vitesses et de forces
sur des vecteurs propres sélectionnés.

Lorsque des fonctions potentielles définies par l'utilisateur ont été sélectionnées dans le .mdp déposer le -table
l'option est utilisée pour passer mdrun un tableau formaté avec des fonctions potentielles. Le fichier est lu
soit depuis le répertoire courant, soit depuis le GMXLIB annuaire. Un certain nombre de préformatés
les tableaux sont présentés dans le GMXLIB dir, pour 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
potentiels à Coulomb normal. Lorsque des interactions de paires sont présentes, un tableau séparé pour
les fonctions d'interaction de paires sont lues à l'aide de la -table option.

Lorsque des fonctions liées tabulées sont présentes dans la topologie, les fonctions d'interaction sont
lire en utilisant le -tableb option. Pour chaque interaction tabulée différente, tapez le tableau
le nom du fichier est modifié d'une manière différente : avant l'extension du fichier, un trait de soulignement est
en annexe, puis un 'b' pour les liaisons, un 'a' pour les angles ou un 'd' pour les dièdres et enfin le
numéro de table du type d'interaction.

Les options -px ainsi que -pf sont utilisés pour écrire les coordonnées et les forces de traction COM lors de la traction
est sélectionné dans le .mdp fichier.

Enfin, certains algorithmes expérimentaux peuvent être testés lorsque les options appropriées ont été
étant donné. Actuellement à l'étude sont : la polarisabilité.

L'option -membre fait ce qui était autrefois g_membed, c'est-à-dire incorporer une protéine dans une membrane.
Ce module nécessite un certain nombre de paramètres qui sont fournis dans un fichier de données qui est le
argument de cette option. Pour plus de détails sur l'enrobage membranaire, consultez la documentation dans
la notice. Les options -mn ainsi que -mp sont utilisés pour fournir les fichiers d'index et de topologie
utilisé pour l'enrobage.

L'option -pforce est utile lorsque vous soupçonnez qu'une simulation se bloque en raison d'une trop grande
les forces. Avec cette option les coordonnées et les forces des atomes avec une force supérieure à un
une certaine valeur sera imprimée sur stderr.

Des points de contrôle contenant l'état complet du système sont écrits à intervalles réguliers
(option -cpt) au fichier -cpo, sauf option -cpt est mis à -1. Le point de contrôle précédent
est sauvegardé sur state_prev.cpt pour s'assurer qu'un état récent du système est toujours
disponible, même lorsque la simulation est terminée lors de l'écriture d'un point de contrôle. Avec -numérocp
tous les fichiers de point de contrôle sont conservés et accompagnés du numéro d'étape. Une simulation peut être
continué en lisant l'état complet du fichier avec l'option -cpi. Cette option est intelligente
de la manière que si aucun fichier de point de contrôle n'est trouvé, GROMACS suppose simplement une exécution normale et
commence dès la première étape du .tpr déposer. Par défaut, la sortie sera ajoutée à
les fichiers de sortie existants. Le fichier de point de contrôle contient les sommes de contrôle de tous les fichiers de sortie,
de sorte que vous ne perdrez jamais de données lorsque certains fichiers de sortie sont modifiés, corrompus ou
supprimé. Il existe trois scénarios avec -cpi:

* aucun fichier avec des noms correspondants n'est présent : de nouveaux fichiers de sortie sont écrits

* tous les fichiers sont présents avec des noms et des sommes de contrôle correspondant à ceux stockés dans le point de contrôle
fichier : les fichiers sont ajoutés

* sinon aucun fichier n'est modifié et une erreur fatale est générée

Avec -noappend de nouveaux fichiers de sortie sont ouverts et le numéro de pièce de simulation est ajouté à tous
noms de fichiers de sortie. Notez que dans tous les cas, le fichier de point de contrôle lui-même n'est pas renommé et
sera écrasé, sauf si son nom ne correspond pas au -cpo option.

Avec le point de contrôle, la sortie est ajoutée aux fichiers de sortie précédemment écrits, à moins que
-noappend est utilisé ou aucun des fichiers de sortie précédents n'est présent (sauf pour le
fichier de point de contrôle). L'intégrité des fichiers à annexer est vérifiée à l'aide de sommes de contrôle
qui sont stockés dans le fichier de point de contrôle. Cela garantit que la sortie ne peut pas être mélangée ou
corrompu en raison de l'ajout de fichier. Lorsque seuls certains des fichiers de sortie précédents sont présents,
une erreur fatale est générée et aucun ancien fichier de sortie n'est modifié ni aucun nouveau fichier de sortie
sont ouverts. Le résultat avec l'ajout sera le même que celui d'un seul passage. Les
le contenu sera binairement identique, à moins que vous n'utilisiez un nombre différent de rangs ou dynamiques
l'équilibrage de charge ou la bibliothèque FFT utilise des optimisations via la synchronisation.

Avec l'option -maxh une simulation est terminée et un fichier de point de contrôle est écrit au premier
étape de recherche de voisin où le temps d'exécution dépasse -maxh*0.99 heures. Cette option est
particulièrement utile en combinaison avec le réglage nétapes à -1 soit dans le mdp soit en utilisant
l'option de ligne de commande du même nom. Il en résulte une course infinie, terminée seulement
lorsque le délai fixé par -maxh est atteint (le cas échéant) ou à la réception d'un signal.

Quand mdrun reçoit un signal TERM, il définira nsteps à l'étape actuelle plus un. Lorsque
mdrun reçoit un signal INT (par exemple lorsque ctrl+C est enfoncé), il s'arrêtera après le prochain
étape de recherche de voisin (avec nstlist=0 à l'étape suivante). Dans les deux cas, tout l'habituel
la sortie sera écrite dans un fichier. Lors de l'exécution avec MPI, un signal à l'un des mdrun rangs
est suffisant, ce signal ne doit pas être envoyé à mpirun ou au mdrun processus qui est le
parent des autres.

La dynamique moléculaire interactive (IMD) peut être activée en utilisant au moins l'un des trois
Commutateurs IMD : le -imdterm commutateur permet de terminer la simulation à partir du
visionneuse moléculaire (par exemple VMD). Avec -j'attends, mdrun s'interrompt chaque fois qu'aucun client IMD n'est
connecté. Tirer depuis la télécommande IMD peut être activé en -imdpull. Le port mdrun
écoute peut être modifié par -importation.Le fichier pointé par -si contient des indices atomiques et
forces si la traction IMD est utilisée.

Quand mdrun est démarré avec MPI, il ne s'exécute pas par défaut.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-cpi [<.cpt>] (état.cpt) (Facultatif)
Fichier de point de contrôle

-table [<.xvg>] (tableau.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tablette [<.xvg>] (tablettef.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-table [<.xvg>] (tablep.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tableb [<.xvg>] (tableau.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-rediffusion [<.xtc/.trr/...>] (réexécuter.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-Oeuf [<.edi>] (sam.edi) (Facultatif)
Entrée d'échantillonnage ED

-multirépertoire [ [...]] (rundi) (Facultatif)
Exécuter le répertoire

-membre [<.dat>] (membre.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-mp [<.top>] (membre.top) (Facultatif)
Fichier de topologie

-mn [<.ndx>] (membre.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Facultatif)
Trajectoire compressée (format tng ou format xdr portable)

-cpo [<.cpt>] (état.cpt) (Facultatif)
Fichier de point de contrôle

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Dossier énergie

-g [<.log>] (md.log)
Fichier journal

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-champ [<.xvg>] (champ.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pieux [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pulf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-dehors [<.log>] (rotangles.log) (Facultatif)
Fichier journal

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Facultatif)
Fichier journal

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Facultatif)
Fichier journal

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Facultatif)
matrice de Hesse

-dn [<.ndx>] (dipôle.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-si [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-échanger [<.xvg>] (swapions.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-defnm
Définir le nom de fichier par défaut pour toutes les options de fichier

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-jj (0 0 0)
Grille de décomposition de domaine, 0 est optimisé

-ddordre (entrelacer)
Ordre de classement DD : entrelacement, pp_pme, cartésien

-npme (-1)
Nombre de rangs distincts à utiliser pour PME, -1 est une supposition

-NT (0)
Nombre total de threads à démarrer (0 est une supposition)

-ntmpi (0)
Nombre de threads thread-MPI à démarrer (0 est une supposition)

-ntomp (0)
Nombre de threads OpenMP par rang MPI à démarrer (0 est une supposition)

-ntomp_pme (0)
Nombre de threads OpenMP par rang MPI à démarrer (0 est -ntomp)

-Broche (auto)
Si mdrun doit essayer de définir des affinités de thread : auto, on, off

-décalage des broches (0)
Le numéro de noyau logique le plus bas auquel mdrun doit épingler le premier thread

-pinsride (0)
Distance d'épinglage dans les cœurs logiques pour les threads, utilisez 0 pour minimiser le nombre de
threads par cœur physique

-gpu_id
Liste des ID de périphérique GPU à utiliser, spécifie le classement PP par nœud au mappage GPU

-[non]ddcheck (Oui)
Vérifiez toutes les interactions liées avec DD

-rdd (0)
La distance maximale pour les interactions liées avec DD (nm), 0 est déterminée à partir de
coordonnées initiales

-rcon (0)
Distance maximale pour P-LINCS (nm), 0 est une estimation

-dlb (auto)
Équilibrage de charge dynamique (avec DD) : auto, non, oui

-dds (0.8)
Fraction dans (0,1) par la réciproque de laquelle la taille initiale de la cellule DD sera augmentée dans
afin de fournir une marge dans laquelle l'équilibrage de charge dynamique peut agir tout en préservant
la taille de cellule minimale.

-gcom (-1)
Fréquence de communication globale

-nb (auto)
Calculer les interactions non liées sur : auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Définir nstlist lors de l'utilisation d'une tolérance de tampon Verlet (0 est une supposition)

-[no]tunepme (Oui)
Optimiser la charge PME entre les rangs PP/PME ou GPU/CPU

-[nov (non)
Soyez fort et bruyant

-[non]compact (Oui)
Écrire un fichier journal compact

-pforce (-1)
Imprimer toutes les forces supérieures à cela (kJ/mol nm)

-[pas] de reproduction (non)
Essayez d'éviter les optimisations qui affectent la reproductibilité binaire

-cpt (15)
Intervalle de point de contrôle (minutes)

-[non]cpnum (non)
Conserver et numéroter les fichiers de point de contrôle

-[non]ajouter (Oui)
Ajouter aux fichiers de sortie précédents lors de la poursuite du point de contrôle au lieu d'ajouter
le numéro de pièce de simulation à tous les noms de fichiers

-nétapes (-2)
Exécutez ce nombre d'étapes, remplace l'option de fichier .mdp (-1 signifie infini, -2 signifie
utilisez l'option mdp, plus petit n'est pas valide)

-maxh (-1)
Terminer après 0.99 fois cette fois (heures)

-multi (0)
Faire plusieurs simulations en parallèle

-replexe (0)
Tentative d'échange de réplique périodiquement avec cette période (étapes)

- suivant (0)
Nombre d'échanges aléatoires pour effectuer chaque intervalle d'échange (N^3 est un
suggestion). -nex zéro ou non spécifié donne l'échange de répliques voisines.

-ressemer (-1)
Seed pour l'échange de répliques, -1 génère une graine

Utilisez mdrun_mpi_d.openmpi en ligne à l'aide des services onworks.net