mgaps - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mummer - package pour l'alignement de séquences de génomes multiples

SYNOPSIS

mummer-annoter
combiner les MUM
dnadiff [choix]ou [options]-d<deltafichier>
tandems-exacts
lacunes
vue de la carte [choix]<coordonnéesfichier>[UTRcoordonnées][CDcoordonnées]
mgaps [-ré][-F][-l][-s]
mime [Options]
intrigue [choix]<correspondrefichier>
numérique [choix]
nucmer2xfig
Promer [choix]
répéter-match [choix]
exécuter-mummer1 <rapideréférence><rapiderequête>[-r]
exécuter-mummer3 <rapideréférence><multi-fastarequête>
afficher-aligne [choix]<réfidentifiant><qryidentifiant>

L'entrée est la sortie .delta du programme "nucmer" ou "promer" transmis sur le
ligne de commande.

La sortie est vers stdout et se compose de tous les alignements entre la requête et la référence
séquences identifiées sur la ligne de commande.

REMARQUE : aucun tri n'est effectué par défaut, les alignements seront donc classés comme indiqué dans
les saisir.
afficher les coordonnées [choix]
afficher-snps [choix]
afficher-carrelage [choix]

DESCRIPTION

OPTIONS

Tous les outils (à l'exception des lacunes) obéissent aux options -h, --help, -V et --version comme on le ferait
attendre. Cette aide est excellente et rend ces pages de manuel fondamentalement obsolètes.
combiner les MUM Combine les MUM dans en prolongeant les matchs hors des extrémités et entre les MUM.
est un fichier fasta de la séquence de référence. est un multi-
fichier fasta des séquences comparées à la référence

-D Uniquement sortie pour stdout les positions de différence
et personnages
-n Autorise les correspondances uniquement entre les nucléotides, c'est-à-dire les ACGT
-N num Break matchs à ou plusieurs non-ACGT consécutifs
-q tag Utilisé pour étiqueter la correspondance de requête
-r tag Utilisé pour étiqueter la correspondance de référence
-S Affiche toutes les différences dans les chaînes
-t La requête d'étiquette correspond à l'en-tête fasta de la requête
-v num Définir le niveau détaillé pour une sortie supplémentaire
-W fichier Réinitialiser le nom de fichier de sortie par défaut avecerrors.gaps
-x Ne pas sortir les fichiers .cover
-e Définit le seuil du taux d'erreur sur e (par exemple, 0.02 correspond à deux pour cent)
dnadiff Exécuter une analyse comparative de deux ensembles de séquences à l'aide de nucmer et de ses
utilitaires avec les paramètres recommandés. Voir la documentation MUMmer pour plus de détails
description de la sortie. Produit les fichiers de sortie suivants :

.report - Résumé des alignements, des différences et des SNP
.delta - Sortie d'alignement numérique standard
.1delta - Alignement 1 à 1 à partir du filtre delta -1
.mdelta - Alignement M à M à partir du filtre delta -m
.1coords - Coordonnées 1 à 1 de show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Coordonnées M à M de show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP de show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Points d'arrêt de référence classés de show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Points d'arrêt qry classés de show-diff -qH .mdelta
.unref - ID de référence et longueurs non alignés (le cas échéant)
.unqry - ID de requête et longueurs non alignés (le cas échéant)

OBLIGATOIRE:
reference Définit la référence d'entrée nom de fichier multi-FASTA
requête Définir la requête d'entrée nom de fichier multi-FASTA
or
fichier delta Fichier d'alignement .delta non filtré de nucmer

OPTIONS :
-d|delta Fournit un fichier delta précalculé pour l'analyse
-h
--help Affiche les informations d'aide et quitte
-p|prefix Définit le préfixe des fichiers de sortie (par défaut "out")
-V
--version Affiche les informations de version et quitte

vue de la carte
-h
--help Affiche les informations d'aide et quitte
-m|mag Définit le grossissement auquel la figure est rendue,
c'est une option pour fig2dev qui est utilisée pour générer
les fichiers PDF et PS (par défaut 1.0)
-n|num Définit le nombre de fichiers de sortie utilisés pour partitionner le
sortie, ceci afin d'éviter de générer des fichiers trop
grand à afficher (10 par défaut)
-p|prefix Définit le préfixe du fichier de sortie
(par défaut "PROMER_graph ou NUCMER_graph")
-v
--verbose Journalisation détaillée des fichiers traités
-V
--version Affiche les informations de version et quitte
-x1 coord Définit la limite inférieure des coordonnées de l'affichage
-x2 coord Définit la limite supérieure des coordonnées de l'affichage
-g|ref Si le fichier d'entrée est fourni par 'mgaps', définit le
ID de séquence de référence (tel qu'il apparaît dans la première colonne
du fichier de coordonnées UTR/CDS)
-I Affiche le nom des séquences de requêtes
-Ir Affiche le nom des gènes de référence
mime Trouver et sortir (sur stdout) les positions et la longueur de tous suffisamment longs
correspondances maximales d'une sous-chaîne dans et

-mum calcule les correspondances maximales qui sont uniques dans les deux séquences
-mumcan identique à -mumreference
-mumreference calcule les correspondances maximales qui sont uniques dans
la référence-séquence mais pas nécessairement dans la requête-séquence
(Par défaut)
-maxmatch calcule toutes les correspondances maximales quelle que soit leur unicité
-n correspond uniquement aux caractères a, c, g ou t
ils peuvent être en majuscule ou en minuscule
-l définit la longueur minimale d'un match
si non défini, la valeur par défaut est 20
-b calcule les correspondances de complément avant et arrière
-r ne calcule que les correspondances de complément inverse
-s affiche les sous-chaînes correspondantes
-c rapporte la position de la requête d'une correspondance de complément inverse
par rapport à la séquence de requête d'origine
-F force le format de sortie de 4 colonnes quel que soit le nombre de
entrées de séquence de référence
-L affiche la longueur des séquences de requête sur la ligne d'en-tête
nonce
nucmer génère des alignements de nucléotides entre deux entrées mutli-FASTA
des dossiers. Deux fichiers de sortie sont générés. Le fichier de sortie .cluster répertorie
groupes de correspondances entre chaque séquence. Le fichier .delta répertorie les
distance entre les insertions et les suppressions qui produisent un score maximal
alignements entre chaque séquence.

OBLIGATOIRE:
Référence Définir le nom de fichier multi-FASTA de référence d'entrée
Requête Définir le nom de fichier multi-FASTA de la requête d'entrée

--mum Utiliser des correspondances d'ancrage qui sont uniques à la fois dans la référence
et interroger
--mumcan Identique à --mumreference
--mumreference Utiliser des correspondances d'ancrage qui sont uniques dans la référence
mais pas nécessairement unique dans la requête (comportement par défaut)
--maxmatch Utiliser toutes les correspondances d'ancre indépendamment de leur unicité

-b|breaklen Définit la distance qu'une extension d'alignement tentera de parcourir
étendre les régions à faible score avant d'abandonner (par défaut 200)
-c|mincluster Définit la longueur minimale d'un cluster de correspondances (par défaut 65)
--[no]delta Bascule la création du fichier delta (par défaut --delta)
--depend Affiche les informations de dépendance et quitte
-d|diagfactor Définit le facteur de séparation de la différence diagonale de clustering
(0.12 par défaut)
--[no]extend Bascule l'étape d'extension du cluster (par défaut --extend)
-f
--forward Utiliser uniquement le brin avant des séquences de requête
-g|maxgap Définit l'écart maximum entre deux correspondances adjacentes dans un
cluster (par défaut 90)
-h
--help Affiche les informations d'aide et quitte
-l|minmatch Définit la longueur minimale d'une seule correspondance (20 par défaut)
-o
--coords Génère automatiquement les coordonnées NUCmer1.1 d'origine
fichier de sortie en utilisant le programme 'show-coords'
--[no]optimize Bascule l'optimisation du score d'alignement, c'est-à-dire si un alignement
l'extension atteint la fin d'une séquence, elle fera marche arrière
pour optimiser le score d'alignement au lieu de terminer le
alignement à la fin de la séquence (par défaut --optimize)
-p|prefix Définit le préfixe des fichiers de sortie (par défaut "out")
-r
--reverse Utiliser uniquement le complément inverse des séquences Query
--[no]simplify Simplifiez les alignements en supprimant les clusters masqués. Tourner
cette option désactivée si vous alignez une séquence sur elle-même pour regarder
pour les répétitions (par défaut --simplify)

Promer
promer génère des alignements d'acides aminés entre deux entrées d'ADN mutli-FASTA
des dossiers. Deux fichiers de sortie sont générés. Le fichier de sortie .cluster répertorie
groupes de correspondances entre chaque séquence. Le fichier .delta répertorie les
distance entre les insertions et les suppressions qui produisent un score maximal
alignements entre chaque séquence. L'entrée d'ADN est traduite dans les 6
les cadres de lecture afin de générer la sortie, mais les coordonnées de sortie
référencer l'entrée d'ADN d'origine.

OBLIGATOIRE:
Référence Définir le fichier ADN multi-FASTA de référence d'entrée
Requête Définir la requête d'entrée fichier multi-FASTA DNA

--mum Utiliser des correspondances d'ancrage qui sont uniques à la fois dans la référence
et interroger
--mumcan Identique à --mumreference
--mumreference Utiliser des correspondances d'ancrage qui sont uniques dans la référence
mais pas nécessairement unique dans la requête (comportement par défaut)
--maxmatch Utiliser toutes les correspondances d'ancre indépendamment de leur unicité

-b|breaklen Définit la distance qu'une extension d'alignement tentera de parcourir
étendre les régions à faible score avant d'abandonner, mesuré en
acides aminés (par défaut 60)
-c|mincluster Définit la longueur minimale d'un groupe de correspondances, mesurée en
acides aminés (par défaut 20)
--[no]delta Bascule la création du fichier delta (par défaut --delta)
--depend Affiche les informations de dépendance et quitte
-d|diagfactor Définit le facteur de séparation de la différence diagonale de clustering
(par défaut .11)
--[no]extend Bascule l'étape d'extension du cluster (par défaut --extend)
-g|maxgap Définit l'écart maximum entre deux correspondances adjacentes dans un
cluster, mesuré en acides aminés (30 par défaut)
-l|minmatch Définit la longueur minimale d'une seule correspondance, mesurée en amino
acides (par défaut 6)
-m|masklen Définit la longueur maximale de masquage de serre-livres, mesurée en amino
acides (par défaut 8)
-o
--coords Génère automatiquement le PROmer1.1 d'origine ".coords"
fichier de sortie à l'aide du programme "show-coords"
--[no]optimize Bascule l'optimisation du score d'alignement, c'est-à-dire si un alignement
l'extension atteint la fin d'une séquence, elle fera marche arrière
pour optimiser le score d'alignement au lieu de terminer le
alignement à la fin de la séquence (par défaut --optimize)

-p|prefix Définit le préfixe des fichiers de sortie (par défaut "out")
-x|matrix Définit le numéro de la matrice d'alignement à 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] ou 3 [BLOSUM 80] (par défaut 2)
répéter-match Trouver toutes les correspondances exactes maximales dans
-E Utiliser une recherche exhaustive (lente) pour trouver des correspondances
-f brin avant uniquement, ne pas utiliser de complément inverse
-n # Définir la longueur de correspondance exacte minimale sur #
-t Ne produit que des répétitions en tandem
-V # Définit le niveau d'impression détaillée (débogage) sur #
afficher-aligne
-h Afficher les informations d'aide
-q Trier les alignements par la coordonnée de début de la requête
-r Trier les alignements par la coordonnée de début de référence
-w int Définit la largeur de l'écran - la valeur par défaut est 60
-x int Définit le type de matrice - la valeur par défaut est 2 (BLOSUM 62),
les autres options incluent 1 (BLOSUM 45) et 3 (BLOSUM 80)
remarque : n'a d'effet que sur les alignements d'acides aminés
afficher les coordonnées
-b Fusionne les alignements qui se chevauchent quel que soit le répertoire de correspondance
ou frame et n'affiche aucune information d'identité.
-B Bascule la sortie au format btab
-c Inclut les informations de pourcentage de couverture dans la sortie
-d Affiche le sens d'alignement dans le
Colonnes FRM (par défaut pour Promer)
-g Option obsolète. Veuillez utiliser 'delta-filter' à la place
-h Afficher les informations d'aide
-H Ne pas imprimer l'en-tête de sortie
-I float Définir le pourcentage d'identité minimum à afficher
-k Knockout (ne pas afficher) les alignements qui se chevauchent
un autre alignement dans un cadre différent de plus de 50 %
de leur longueur ET ont un pourcentage de similarité inférieur
ou sont inférieurs à 75 % de la taille de l'autre alignement
(promer seulement)
-l Inclut les informations de longueur de séquence dans la sortie
-L long Définit la longueur d'alignement minimale à afficher
-o Annoter les alignements maximaux entre deux séquences, c'est-à-dire
chevauchements entre les séquences de référence et de requête
-q Trier les lignes de sortie par ID de requête et coordonnées
-r Trier les lignes de sortie par ID de référence et coordonnées
-T Bascule la sortie au format délimité par des tabulations

L'entrée est la sortie .delta du programme "nucmer" ou "promer" transmis sur le
ligne de commande.

La sortie est vers stdout et consiste en une liste de coordonnées, un pourcentage d'identité et d'autres
informations utiles concernant les données d'alignement contenues dans le fichier .delta utilisé comme
contribution.

REMARQUE : aucun tri n'est effectué par défaut, les alignements seront donc classés tels qu'ils ont été trouvés
dans le saisir.
afficher-snps
-C Ne pas signaler les SNP des alignements avec un
mappage, c'est-à-dire rapporter uniquement les SNP où [R] et [Q]
les colonnes sont égales à 0 et n'affichent pas ces colonnes
-h Afficher les informations d'aide
-H Ne pas imprimer l'en-tête de sortie
-Je ne signale pas les indels
-l Inclut les informations de longueur de séquence dans la sortie
-q Trier les lignes de sortie par ID de requête et positions SNP
-r Trier les lignes de sortie par ID de référence et positions SNP
-S Spécifier les alignements à signaler en passant
lignes 'show-coords' vers stdin
-T Passer au format délimité par des tabulations
-x int Inclut x caractères du contexte SNP environnant dans le
sortie, par défaut 0

L'entrée est la sortie .delta du programme nucmer ou promer transmis à la commande
ligne.

La sortie est vers stdout et consiste en une liste de SNP (ou de substitutions d'acides aminés pour
promer) avec des positions et d'autres informations utiles. La sortie sera triée avec -r par défaut
et la colonne [BUFF] fera toujours référence à la séquence dont les positions ont été triées.
Cette valeur spécifie la distance entre ce SNP et la discordance la plus proche (fin de l'alignement,
indel, SNP, etc) dans le même alignement, tandis que la colonne [DIST] spécifie la distance
de ce SNP à la fin de séquence la plus proche. SNP pour lesquels les colonnes [R] et [Q] sont
supérieur à 0 doit être évalué avec prudence, car ces colonnes spécifient le nombre de
d'autres alignements qui chevauchent cette position. Utilisez -C pour vous assurer que les SNP ne sont signalés que par
régions d'alignement uniques.

afficher-carrelage
-a Décrire le chemin de la mosaïque en imprimant le délimité par des tabulations
coordonnées de la région d'alignement sur stdout
-c Supposons que les séquences de référence sont circulaires et permettent
contigs en mosaïque pour couvrir l'origine
-g int Définit l'écart maximal entre les alignements groupés [-1, INT_MAX]
Une valeur de -1 représentera l'infini
(numéro par défaut = 1000)
(promer par défaut = -1)
-i float Définit le pourcentage d'identité minimum sur la tuile [0.0, 100.0]
(numéro par défaut = 90.0)
(promer par défaut = 55.0)
-l int Définit la longueur minimale du contig pour rapporter [-1, INT_MAX]
Une valeur de -1 représentera l'infini
(défaut commun = 1)
-p fichier Sort une pseudo molécule de la requête contig à 'fichier'
-R Traiter les contigs répétitifs en les plaçant au hasard
dans l'un de leurs emplacements de copie (implique -V 0)
-t fichier Affiche une liste de contigs de style TIGR de chaque séquence de requête
qui correspond suffisamment à la référence (non circulaire)
-u fichier Affiche les coordonnées de la région d'alignement délimitées par des tabulations
des contigs inutilisables au 'fichier'
-v float Définit la couverture contig minimale sur la tuile [0.0, 100.0]
(nucmer par défaut = 95.0) somme des alignements individuels
(promer default = 50.0) étendue de la région synténique
-V float Définir la différence de couverture contig minimale [0.0, 100.0]
c'est-à-dire la différence nécessaire pour déterminer un alignement
est 'meilleur' ​​qu'un autre alignement
(nucmer par défaut = 10.0) somme des alignements individuels
(promer default = 30.0) étendue de la région synténique
-x Décrire le chemin de tuilage en imprimant le contig XML
liaison d'informations à stdout

L'entrée est la sortie .delta du programme nucmer, exécutée sur des données de séquence très similaires, ou
la sortie .delta du programme promer, exécutée sur des données de séquence divergentes.

La sortie est vers stdout et consiste en l'emplacement prévu de chaque requête d'alignement
contig comme mappé aux séquences de référence. Ces coordonnées font référence à l'étendue de
l'ensemble du contig de la requête, même lorsque seul un certain pourcentage du contig était en fait
aligné (sauf si l'option -a est utilisée). Les colonnes sont, début dans ref, fin dans ref, distance à
prochain contig, longueur de ce contig, couverture d'alignement, identité, orientation et ID
respectivement.

Utiliser mgaps en ligne à l'aide des services onworks.net