Il s'agit de la commande micro_razers qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
micro_razers
SYNOPSIS
micro_razers [OPTIONS]
DESCRIPTION
MicroRazerS utilise une stratégie de cartographie basée sur des préfixes pour cartographier les petites lectures d'ARN éventuellement
contenant la séquence adaptatrice 3'.
(c) Copyright 2009 par Anne-Katrin Emde.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
Options principales ::
-o, --output DOSSIER
Changer le nom du fichier de sortie. Défaut: .résultat.
-rr, --taux-de-reconnaissance NUM
régler le taux de reconnaissance en pourcentage Dans la plage [80..100]. Par défaut : 100.
-SH, --semence-longueur NUM
longueur de graine Dans la plage [10..inf]. Par défaut : 16.
-sE, --erreur de graine
permettre une erreur dans la graine
-f, --effronté
la carte se lit uniquement pour transmettre les brins.
-r, --sens inverse
la carte se lit uniquement pour inverser les brins.
-mN, --match-N
'N' correspond à tous les autres caractères
-m, --max-coups NUM
afficher uniquement NUM des meilleurs résultats dans la plage [1..inf]. Par défaut : 100.
-Pennsylvanie, --purge-ambigu
purger les lectures avec plus que les meilleures correspondances max-hits
-lm, --peu de mémoire
réduire l'utilisation de la mémoire au détriment du temps d'exécution
-v, --verbeux
mode verbeux
-vv, --vverbeux
mode très verbeux
Options de format de sortie : :
-de, --format de sortie NUM
Définir le format de sortie. 0 = format MicroRazerS, 1 = SAM. Dans la plage [0..1].
-a, --alignement
vider l'alignement pour chaque match
-gn, --nom du génome NUM
Sélectionnez la façon dont les génomes sont nommés. 0 = utiliser Fasta id, 1 = énumérer en commençant par 1. Dans
plage [0..1]. Par défaut : 0.
-rn, --read-nommer NUM
Sélectionnez le nom des lectures. 0 = utiliser Fasta id, 1 = énumérer en commençant par 1. Dans
plage [0..1]. Par défaut : 0.
-donc, --ordre de tri NUM
Sélectionnez le mode de tri des correspondances. 0 = nombre lu, 1 = position du génome. Dans la gamme
[0..1]. Par défaut : 0.
-pf, --position-format NUM
Sélectionnez la numérotation des positions de début/fin (voir la section Coordonnées ci-dessous). 0 = espace vide,
1 = espace de position. Dans la plage [0..1]. Par défaut : 0.
VERSION
version micro_razers : 1.0.1 Dernière mise à jour juillet 2009
Utilisez micro_razers en ligne en utilisant les services onworks.net
