mincaverage - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mincaverage - fichiers minc moyens

SYNOPSIS

mincave [ ] .mnc [ .mnc...] .mnc

DESCRIPTION

Moyenne min. fait la moyenne des fichiers minc ensemble. Une gamme de comportements facultatifs est autorisée comme
bien : pré-normaliser les volumes, créer un volume d'écart type, faire la moyenne sur une
dimension spécifiée des fichiers d'entrée.

OPTIONS

Notez que les options peuvent être spécifiées sous forme abrégée (tant qu'elles sont uniques) et
peut être donné n'importe où sur la ligne de commande.

Général Options

-2 Créez un fichier de sortie au format MINC 2.0.

-tabasser
Écraser un fichier existant.

-noclobber
N'écrase pas un fichier existant (par défaut).

-verbeux
Imprimez les informations de progression pour chaque bloc de données copié (par défaut).

-silencieux N'imprimez pas les informations de progression.

-déboguer Imprimez des informations supplémentaires (par exemple des facteurs de normalisation).

-liste de fichiers nom de fichier
Spécifiez un fichier contenant une liste de noms de fichiers d'entrée. Si "-" est donné, alors le fichier
les noms sont lus à partir de stdin. Si cette option est donnée, alors il ne devrait y avoir aucune entrée
noms de fichiers spécifiés sur la ligne de commande. Les lignes vides dans le fichier d'entrée sont
ignoré.

-max_buffer_size_in_ko taille de la mémoire tampon
Spécifiez la taille maximale des tampons internes (en kilo-octets). La valeur par défaut est 4096
kilo-octets.

Sortie type Options

Ces options contrôlent la précision de stockage et la taille des valeurs de voxel individuelles dans le
fichier de sortie.

-Type de fichier
N'effectuez aucune conversion de type (par défaut).

-octet Écrivez des valeurs entières de 8 bits.

-court Écrivez des valeurs entières de 16 bits.

-int Écrivez des valeurs entières de 32 bits.

-longue Remplacé par -int.

-flotter Écrivez des valeurs à virgule flottante simple précision.

-double
Écrivez des valeurs à virgule flottante en double précision.

-signé Écrivez les valeurs sous forme d'entiers signés (par défaut pour court et long). Ignoré pour
types à virgule flottante.

-non signé
Écrivez les valeurs sous forme d'entiers non signés (par défaut pour l'octet). Ignoré pour flottement
types de points.

-gamme m. max
spécifie la plage valide des valeurs de voxel de sortie dans leur représentation entière.
La valeur par défaut est la plage complète pour le type et le signe. Cette option est ignorée pour
valeurs à virgule flottante. Pour qu'il ait un effet, vous devez spécifier un type.

Moyenne Options

-normaliser
Normaliser les volumes à leur moyenne globale avant de les moyenner (basé sur la moyenne
de voxels avec une valeur supérieure à 2 pour cent de la gamme complète au-dessus du minimum).

-pas de normalisation
Ne pas normaliser les volumes (par défaut).

-fichier sd fichier sd.mnc
Précisez le nom d'un fichier d'écart type de sortie, à calculer en plus
la moyenne qui est normalement calculée.

-fichier de poids fichier de poids.mnc
Spécifiez un fichier de poids de voxel cumulatif de sortie (par défaut = aucun).

-copie_en-tête
Copiez toutes les informations d'en-tête supplémentaires du premier fichier d'entrée (par défaut
pour un fichier d'entrée).

-nocopy_header
Ne copiez pas d'informations d'en-tête supplémentaires (par défaut pour de nombreux fichiers d'entrée).

-moyenne nom dim
Spécifiez le nom d'une dimension sur laquelle nous devrions faire la moyenne (ou calculer
écart-type). Si la normalisation est effectuée, elle ne s'applique toujours qu'aux
fichiers uniquement - aucune normalisation n'est effectuée dans un fichier.

-binariser
Binariser les volumes d'entrée avant de calculer la moyenne. La binarisation est faite
en spécifiant une plage de valeurs qui contribuent 1 à la moyenne. Normalisation de
l'entrée n'est pas autorisée lors de l'exécution de la binarisation.

-plage de fichiers m. max
Spécifiez la plage de valeurs pour la binarisation.

-valeurbin Plus-value
Spécifiez une seule valeur légale (entier) pour la binarisation. La plage est définie sur +/-
0.5 autour de cette valeur pour obtenir un arrondi efficace des valeurs d'entrée.

-ignore_ci-dessous Plus-value
N'incluez pas les voxels en dessous de cette valeur dans la moyenne et l'écart-type

-ignore_au-dessus Plus-value
N'incluez pas les voxels au-dessus de cette valeur dans la moyenne et l'écart-type

-sol Plus-value
synonyme de -ignore_ci-dessous

-ignore_au-dessus Plus-value
synonyme de -ignore_au-dessus

-poids
Spécifiez une série de poids pour la moyenne. Le nombre de valeurs de pondération doit
correspondent au nombre de fichiers d'entrée et les valeurs doivent être fournies en un seul
argument avec des virgules ou des espaces comme séparateurs. La somme des poids doit être non
zéro. Si les poids sont utilisés avec une dimension moyenne, alors un seul fichier d'entrée peut
être spécifié.

-largeur_pondérée
Cette option ne peut être utilisée que lors d'une moyenne sur une dimension (-moyenne option). Ce
spécifie que la pondération doit être effectuée à l'aide de la variable de largeur qui correspond
à la dimension moyenne. Par exemple, en utilisant -largeur_pondérée avec -moyenne fiable
utilisera la variable time-width pour pondérer les valeurs.

-min_poids Plus-value
Ceci spécifie le poids minimum (nombre de volumes si aucun poids n'est spécifié)
nécessaires pour calculer une moyenne valide. Si le poids cumulé d'un voxel est
en dessous de ce seuil, la moyenne et l'écart-type signalés seront de 0.
être utile si les valeurs sont exclues à l'aide de l'un des -ignorer options, ou par valeurs NaN
dans le(s) volume(s) d'entrée.

-min_weight_fraction Plus-value
Pareil que -min_poids, mais spécifié comme une fraction de la somme des poids d'entrée
(ou le nombre de volumes d'entrée, si aucun poids n'est spécifié).

Générique Options en TOUTE commandes:

-Aide Imprimez le résumé des options de la ligne de commande et quittez.

-version
Imprimez le numéro de version du programme et quittez.

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