minclookup - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

minclookup - effectue des conversions de table de recherche sur les fichiers minc

SYNOPSIS

recherche min [ ] .mnc .mnc

DESCRIPTION

Recherche minc effectuera une opération de table de recherche sur chaque voxel d'un fichier minc. Une recherche
table se compose d'une liste de valeurs d'entrée avec des valeurs de sortie correspondantes. Chaque voxel du
fichier d'entrée se trouve dans la table de recherche et la valeur de sortie correspondante est écrite.
Ces valeurs de sortie peuvent être des valeurs scalaires ou vectorielles, par exemple une recherche de couleur
le tableau aurait quatre colonnes : une colonne pour les valeurs d'entrée et une colonne pour chacun de rouge,
valeurs de sortie verte et bleue.

Les tables de consultation peuvent prendre l'une des deux formes suivantes : continu or discret.

Une table de recherche continue sert à traiter les valeurs de voxel comme des valeurs continues (réelles) et
convertir les valeurs en effectuant une interpolation entre les valeurs données dans la table de recherche. UNE
la table de recherche discrète traite les valeurs d'entrée comme des entiers et les traite comme complètement
entrées indépendantes, sans interpolation.

L'utilisation la plus courante des tables de recherche continues est de convertir les valeurs d'intensité en
Couleurs RVB. Pour simplifier les tables de recherche, les valeurs d'entrée sont toutes redimensionnées dans le
plage de zéro à un. Par défaut, la plus petite valeur du fichier correspond à zéro et la plus grande
cartes à un. Cette valeur se trouve ensuite dans la table de recherche, généralement entre deux entrées dans
le tableau (le tableau est toujours trié par ordre croissant des valeurs d'entrée). Linéaire
l'interpolation est ensuite effectuée sur chaque colonne de sortie et la valeur (ou les valeurs) résultante est
écrit dans le fichier de sortie. S'il y a plus d'une valeur de sortie par valeur d'entrée, alors
la dimension vector_dimension est ajoutée au fichier de sortie avec une longueur égale au nombre
des colonnes de sortie dans la table de recherche. Pour les valeurs d'entrée en dehors de la plage de zéro à un, le
la valeur de table la plus proche est utilisée.

Les tables de recherche discrètes sont généralement utilisées pour le remappage des valeurs d'étiquette. Chaque valeur d'entrée est
traité comme un entier (il n'est pas redimensionné) et s'il se trouve dans la table de recherche, alors
la valeur (ou les valeurs) correspondante est écrite dans le fichier de sortie. S'il n'est pas trouvé,
alors une valeur nulle est écrite (zéro par défaut). Aucune interpolation n'est faite avec les discrets
tables de recherche - pour obtenir une valeur de sortie non nulle, il doit y avoir une entrée dans la table.

OPTIONS

Notez que les options peuvent être spécifiées sous forme abrégée (tant qu'elles sont uniques) et
peut être donné n'importe où sur la ligne de commande.

Général Options

-2 Créez un fichier de sortie au format MINC 2.0.

-tabasser
Écraser un fichier existant.

-noclobber
N'écrase pas un fichier existant (par défaut).

-no_clobber
synonyme de -noclobber.

-verbeux
Imprimez les informations de progression pour chaque bloc de données copié (par défaut).

-silencieux N'imprimez pas les informations de progression.

-taille_tampon taille
Spécifiez la taille maximale des tampons internes (en kilo-octets). La valeur par défaut est 10 Mo.

-Type de fichier
Créez un fichier de sortie avec le même type que le premier fichier d'entrée (par défaut).

-octet Stockez chaque voxel sous forme d'entier de 8 bits.

-court Stockez chaque voxel sous forme d'entier de 16 bits.

-int Stockez chaque voxel sous forme d'entier de 32 bits.

-longue Remplacé par -int.

-flotter Stockez chaque voxel au format à virgule flottante 32 bits.

-double
Stockez chaque voxel au format à virgule flottante 64 bits.

-signé
Créez un fichier de sortie avec des données stockées dans un type signé. Cette option n'a pas de sens
lorsqu'il est utilisé avec des formats de données à virgule flottante, qui sont toujours signés.

-non signé
Créez un fichier de sortie avec des données stockées dans un type non signé. Cette option est
n'a pas de sens lorsqu'il est utilisé avec des formats de données à virgule flottante.

-Plage valide m. max
Mettre à l'échelle les valeurs de voxel entières pour qu'elles se situent entre les valeurs m. ainsi que max. Par défaut
les valeurs de voxel entières seront mises à l'échelle pour utiliser toute la plage du type de base. Cette
L'option n'a pas de sens lorsqu'elle est utilisée avec des formats de données à virgule flottante.

Lookup table Options

-gris Utilisez une table de recherche grise pour écrire les valeurs RVB (par défaut).

-gris synonyme de -gris.

-métal chaud
Utilisez une table de recherche de métaux chauds pour écrire les valeurs RVB.

-spectral
Utilisez une table de recherche spectrale (arc-en-ciel) pour écrire les valeurs RVB.

-inverser
Inversez la table de recherche de sorte que la valeur maximale corresponde à zéro et au minimum
la valeur correspond à un. S'applique uniquement aux tables de recherche continues.

-pas d'inversion
N'inversez pas la table de recherche - les mappes minimales à zéro et les mappes maximales à
un (par défaut).

-gamme m. max
Spécifiez la plage de valeurs qui doit correspondre à la plage de la table de recherche
(la valeur par défaut est la plage complète du fichier d'entrée).

-le minimum m.
Spécifiez la valeur d'entrée qui correspond à la valeur minimale dans la table de recherche.

-maximum max
Spécifiez la valeur d'entrée qui correspond à la valeur maximale dans la table de recherche.

-lookup_table [filet | -]
Spécifiez le nom d'un fichier contenant la table de recherche. Si - est donné, la recherche
le tableau est lu à partir de l'entrée standard. Le fichier doit avoir au moins deux colonnes : Le
la première colonne donne les valeurs d'entrée ; les autres colonnes donnent le correspondant
valeurs de sortie. Pour une table de recherche continue, la première colonne doit contenir un
valeur comprise entre zéro et un inclus Les entrées explicites pour zéro et un doivent
généralement être donné. Pour une table de recherche discrète, la première colonne doit contenir
valeurs entières. Si plus d'une colonne de sortie est donnée, alors le fichier de sortie sera
avoir la dimension vecteur_dimension d'une longueur égale au nombre de sorties
Colonnes. Les lignes du tableau seront triées si nécessaire pour que la première
colonne est dans l'ordre croissant.

-chaîne_lut table-de-recherche-chaîne
Spécifiez la table de recherche complète sous forme de chaîne unique. Le caractère point-virgule ";"
est utilisé pour séparer les lignes.

-continu
La table de consultation est continue (voir la description ci-dessus) : les valeurs d'entrée sont traitées comme
valeurs continues (réelles) et sont remises à l'échelle dans la plage zéro à un avant d'être
leva les yeux ; l'interpolation est effectuée entre les valeurs du tableau. C'est la valeur par défaut
comportement.

-discret
La table de consultation est discrète (voir la description ci-dessus) : les valeurs d'entrée sont traitées comme
entiers et aucune interpolation n'est effectuée entre les valeurs d'entrée.

-valeur_nulle chaîne-valeur-nulle
Spécifiez une valeur nulle à utiliser avec les tables de recherche discrètes lorsqu'une valeur n'est pas
trouvé dans la table de correspondance. Cette valeur doit être spécifiée sous forme de liste séparée par des virgules
de valeurs, avec le même nombre de valeurs que les colonnes de sortie dans la table de recherche.

Générique Options en TOUTE commandes:

-Aide Imprimez le résumé des options de la ligne de commande et quittez.

-version
Imprimez le numéro de version du programme et quittez.

EXEMPLES

Pour obtenir des images RVB de métal chaud à partir d'un fichier IRM :

minclookup -hotmetal entrée.mnc sortie.mnc

Pour convertir les étiquettes dans un fichier d'étiquettes minc, utilisez -discrete :

minclookup -discrete -lookup_table fichier de recherche \
in_labels.mnc out_labels.mnc

où lookupfile est un fichier contenant des entrées pour mapper les étiquettes 2 à 4 et les étiquettes 3 à 5 :

+2 (4)XNUMX XNUMX
+3 (5)XNUMX XNUMX

Vous pouvez également spécifier cette table de recherche sur la ligne de commande :

minclookup -discrete -lut_string '2 4;3 5' \
in_labels.mnc out_labels.mnc

Pour obtenir un fichier RVB gris, avec du rouge pour les valeurs inférieures au minimum et du vert pour les valeurs
supérieur au minimum, vous pouvez donner deux entrées zéro et deux entrées un. La première
le zéro est utilisé pour les valeurs négatives, le deuxième zéro est utilisé pour l'interpolation au suivant
entrée. Il n'y a aucune ambiguïté sur la façon de gérer une valeur d'exactement zéro car le premier
et les dernières valeurs de la table sont traitées d'une manière spéciale pour s'assurer qu'elles sont
traité comme à portée si ce type de situation à deux entrées se produit.

minclookup -lookup_table - input.mnc output.mnc <
0 1 0 0
0 0 0 0
1 1 1 1
1 0 1 0
EOF

Pour inverser une image scalaire, vous pouvez utiliser minclookup :

minclookup -lut_string '0 1;1 0' in.mnc out.mnc

Utilisez minclookup en ligne en utilisant les services onworks.net