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mincreshape - En ligne dans le Cloud

Exécutez mincreshape dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande mincreshape qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

PRÉNOM


mincreshape - coupe une hyperslab dans un fichier minc (avec réorganisation des dimensions)

SYNOPSIS


mini-forme [ ] .mnc .mnc

DESCRIPTION


Mincreshape le travail principal est de découper un hyperslab d'un fichier minc et de le mettre dans un nouveau
fichier minc. « Qu'est-ce qu'une hyperdalle ? », demandez-vous. C'est simplement une boîte multidimensionnelle spécifiée
avec un indice de départ (un vecteur donnant une coordonnée de voxel) et un vecteur de comptage (un nombre de
voxels le long de chaque axe). Une seule tranche d'un volume est une hyperdalle (avec un nombre de 1
dans le sens de la coupe), un petit bloc extrait d'un grand volume est une hyperdalle, un
le volume d'écho unique d'un ensemble de données d'IRM multi-écho est une hyperdalle, un point d'un
l'acquisition dynamique est une hyperdalle - vous voyez l'idée. Vérifiez -Début, -compter et
-dimrange options pour plus de détails sur la façon de procéder (et regardez les exemples !). Si tu
tirent un seul point le long d'une cote, vous avez la possibilité de faire le
dimension disparaissent, donc mini-forme vous donne la possibilité de réduire la dimensionnalité de
un fichier minc. De plus, vous n'êtes pas obligé de spécifier une hyperdalle qui se trouve uniquement dans
le fichier d'entrée, vous pouvez étendre au-delà des limites des dimensions dans le fichier d'entrée, et
de plus, vous pouvez donner un compte qui renversera les données le long d'une dimension.

Comme si tout cela ne suffisait pas, mini-forme a la possibilité de réorganiser les dimensions. Le plus
cas évident est la conversion d'une image transversale en une image coronale. Mais vous pouvez taper un
liste des noms de dimension pour obtenir un ordre arbitraire des dimensions.

Tu veux plus!?! OK OK. Mincreshape effectue toutes les opérations ICV de la bibliothèque minc
disponible sur la ligne de commande. Pour ceux qui aiment les choses définies, un ICV est une image
variable de conversion (ne me demandez pas pourquoi je l'ai appelé ainsi) qui vous permet essentiellement de dire à la
données à quoi cela va ressembler. En d'autres termes, il effectue un tas de conversions pour vous.
Ces conversions incluent le changement de type, la plage et la normalisation des valeurs de voxel,
expansion ou contraction des images (par duplication de voxels ou moyennage) pour donner un
la taille de l'image et la conversion des images vectorielles en scalaires.

Juste pour que vous ne soyez pas confus, laissez-moi vous dire clairement ici : mini-forme fait tout le
Les conversions ICV d'abord, puis les éléments de réorganisation de l'hyperslab et des dimensions sont appliqués à
le résultat de ça. Donc si vous voulez les mélanger (comme -imgsize, -Début, -compter),
obtenez-le clair dans votre tête d'abord.

D'accord, accrochez-vous à votre siège : voici une liste d'options.

OPTIONS


Notez que les options peuvent être spécifiées sous forme abrégée (tant qu'elles sont uniques) et
peut être donné n'importe où sur la ligne de commande.

Générale Options


-2 Créez des fichiers de sortie au format MINC 2.0.

-tabasser
Écraser un fichier existant.

-noclobber
N'écrase pas un fichier existant (par défaut).

-verbeux
Imprimez les informations de progression pour chaque bloc de données copié (par défaut). Un morceau
varie en taille selon que vous réorganisez ou non les dimensions et
la taille autorisée du tampon interne.

-silencieux N'imprimez pas les informations de progression.

-max_chunk_size_in_kb taille
Spécifiez la taille maximale du tampon de copie (en kilo-octets). La valeur par défaut est de 4096 ko
(4 Mo).

Image(s) Conversion Options (pixels type et gamme):


La valeur par défaut pour le type, le signe et la plage valide consiste à utiliser ceux du fichier d'entrée. Si le type est
spécifié, le signe et la plage valide sont tous deux définis sur la valeur par défaut pour ce type. Si le signe est
spécifié, la plage valide est définie sur la valeur par défaut pour le type et le signe.

-Type de fichier
N'effectuez aucune conversion de type (par défaut).

-octet Stockez les voxels de sortie au format entier 8 bits.

-court Stockez les voxels de sortie au format entier 16 bits.

-int Stockez les voxels de sortie au format entier 32 bits.

-longue Remplacé par -int.

-flotter Stockez les voxels de sortie au format à virgule flottante 32 bits.

-double
Stockez les voxels de sortie au format à virgule flottante 64 bits.

-signé
Écrivez les valeurs sous forme d'entiers signés (par défaut pour court et long). Ignoré pour
types à virgule flottante.

-non signé
Écrivez les valeurs sous forme d'entiers non signés (par défaut pour l'octet). Ignoré pour flottement
types de points.

-Plage valide min max
spécifie la plage valide des valeurs de voxel de sortie dans leur représentation entière.
La valeur par défaut est la plage complète pour le type et le signe. Cette option est ignorée pour
valeurs à virgule flottante.

-image_plage min max
Normaliser les images à une valeur réelle minimale et maximale donnée (pas la valeur de voxel).

-normaliser
Normaliser les images au minimum et au maximum réels pour l'ensemble du fichier d'entrée.

-pas de normalisation
Ne pas normaliser les images (par défaut).

-nopixfill
Ne convertissez pas les valeurs hors plage dans le fichier d'entrée, copiez-les simplement.

-pixfill
Remplacez les valeurs hors limites dans le fichier d'entrée par la plus petite valeur possible (par défaut).

-pixfillvalue VALORISONS
Spécifiez une nouvelle valeur de pixel pour remplacer les valeurs hors plage dans le fichier d'entrée.

Image(s) Conversion Options (dimension direction et Taille):


-scalaire
Convertir des images vectorielles en images scalaires (une image vectorielle est une avec vecteur_dimension
comme la dimension variable la plus rapide). La dimension vectorielle est supprimée et les valeurs sont
moyenné.

-noscalaire
Ne convertissez pas les images vectorielles en images scalaires (par défaut).

+sens
Retournez les images pour donner une valeur de pas positive pour les axes spatiaux. Notez que le retournement
des axes spatiaux ne s'applique qu'aux "dimensions de l'image". Ce sont les deux plus rapides
dimensions variables (non vectorielles) dans le fichier. Si vous voulez retourner une non-image
dimension, vous pouvez la convertir en dimension d'image avec -dimsize nom dim= -1 (les
-1 signifie ne pas vraiment changer la taille). Consultez les exemples.

-direction
Retournez les images pour donner une valeur de pas négative pour les axes spatiaux.

-N'importe quelle direction
Ne retournez pas les images le long des axes spatiaux (par défaut).

+directionx
Retournez les images pour donner une valeur xspace:step positive (de gauche à droite).

-xdirection
Retournez les images pour donner une valeur xspace:step négative (de droite à gauche).

-xanydirection
Ne retournez pas les images le long de l'axe des x.

+ydirection
Retournez les images pour donner une valeur yspace:step positive (postérieure à antérieure).

-ydirection
Retournez les images pour donner une valeur yspace:step négative (antérieure à postérieure).

-yanydirection
Ne retournez pas les images le long de l'axe y.

+directionz
Retournez les images pour donner une valeur zspace:step positive (inférieure à supérieure).

-zdirection
Retournez les images pour donner une valeur zspace:step négative (supérieure à inférieure).

-direction loufoque
Ne retournez pas les images le long de l'axe z.

-garder l'aspect
Conservez le rapport hauteur/largeur lors du redimensionnement des images. Cela signifie que les voxels sont répliqués
(ou moyenné) le même nombre de fois le long de chaque dimension de l'image.

-aspect nokeep
Ne forcez pas la préservation du rapport hauteur/largeur lors du redimensionnement des images (par défaut).

-imgsize taille
Spécifiez la taille d'image souhaitée (utilisée si -taille de ligne or -taille pas donné).

-taille de ligne taille
Spécifiez le nombre de lignes souhaité dans l'image.

-taille taille
Spécifiez le nombre de colonnes souhaité dans l'image.

-dimsize dimension=taille
Spécifiez la taille d'une dimension nommée (dimension=taille). Notez que le redimensionnement uniquement
s'applique aux "dimensions de l'image" - généralement les deux variables les plus rapides (non vectorielles)
dimensions. Pour effectuer le redimensionnement des dimensions, toutes les dimensions variant le plus rapidement jusqu'au
dimension nommée sont transformées en dimensions d'image, et celles-ci sont ensuite affectées par
les options d'orientation. Le nom et la taille de la dimension doivent être dans une ligne de commande
argument, donc si vous utilisez des espaces (ce qui est bien), n'oubliez pas d'utiliser des guillemets pour les masquer
de la coquille.

Remodeler options:


-transversal
Écrivez des tranches transversales.

-sagittal
Écrivez des coupes sagittales.

-coronaire
Écrivez des coupes coronales.

-trouble dim1,dim2,dim3...
Spécifiez l'ordre des dimensions, où faible? sont les noms des dimensions. Tu peux donner
moins de dimensions qu'il n'y en a dans le fichier : elles sont supposées être les variables les plus rapides
dimensions dans le fichier de sortie (donc -transversal est exactement équivalent à -trouble
zspace,yspace,xspace). Encore une fois, les espaces sont autorisés entre les noms, mais n'oubliez pas de
cachez-les du shell avec des guillemets.

-dimrange dim=Commencez[,compter]
Spécifiez la plage d'indices de dimension pour la dimension dim. Si compter est manquant ou
0, alors cela signifie 1, mais supprimez la dimension du fichier de sortie (un
le compte de 1 gardera une dimension de taille 1). Un négatif compter signifie retourner les données
le long de cette dimension - dans ce cas Commencez spécifie la plus haute coordonnée de voxel
pour la dimension (-dimrange xespace=3,-3 donne une version inversée de
-dimrange xespace=1,3). Les options -Début et -compter fournir une autre façon de
préciser les mêmes informations.

-Début coord0,coord1,coord2...

Spécifie le coin de départ de l'hyperdalle (les coordonnées vont de la variation la plus lente
dimension au plus rapide). Si moins de coordonnées sont données que de dimensions existent dans le
fichier, alors ils sont supposés s'appliquer aux dimensions variables les plus lentes et au
les coordonnées restantes sont mises à 0. Voir -dimrange pour plus de détails. Les deux -Début et
-compter donner des vecteurs qui correspondent aux dimensions du fichier d'entrée après l'image
les options de conversion (ICV) ont été appliquées.

-compter taille0,taille1,taille2...
Spécifie les longueurs de bord de l'hyperdalle à lire (les coordonnées vont de la variation la plus lente
dimension au plus rapide). Si moins de tailles sont données que de dimensions existent dans le fichier,
alors ils sont supposés s'appliquer aux dimensions variables les plus lentes et aux autres
les tailles sont définies sur la taille complète de la dimension. Voir -dimrange pour plus de détails.
Les deux -Début et -compter donner des vecteurs qui correspondent aux dimensions du fichier d'entrée après
les options de conversion d'image (ICV) ont été appliquées.

Manquant dimensionnelles options:


-aucun remplissage
Utilisez la valeur zéro pour les points en dehors du volume d'entrée (par défaut).

-remplir Utilisez une valeur de remplissage pour les points en dehors du volume d'entrée (valeur minimale possible).

-fillvalue VALORISONS
Spécifiez une valeur de remplissage pour les points en dehors du volume d'entrée (il s'agit d'une valeur réelle,
pas une valeur de pixel).

Générique Options pour la qualité tous commandes:


-Aide Imprimez le résumé des options de la ligne de commande et quittez.

-version
Imprimez le numéro de version du programme et quittez.

EXEMPLES:


Supposons que nous ayons un volume de dimensions zspace, yspace, xspace (c'est transversal)
et les tailles 128, 256, 256. Si nous voulons en extraire la tranche 40 (en gardant la coordonnée
informations pour la dimension zspace), alors nous pouvons utiliser

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -dimrange zspace=40,1

Alternativement, nous pourrions utiliser

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Ou simplement

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -start 40 -count 1

Si nous voulions nous débarrasser de la dimension zspace, nous pourrions utiliser

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -dimrange zspace=40,0

Sortons un bloc du milieu et retournons-le le long de xspace :

mincreshape original.mnc nouveau.mnc \
-commencer 40,10,240 -compter 1,200,-200

Mais pourquoi se retenir ? Sortons des limites :

mincreshape original.mnc nouveau.mnc \
-commencer 40,-100,340 -compter 1,200,-200

Si vous voulez un volume sagittal, utilisez ceci :

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -sagittal

Que diriez-vous de quelques têtes latérales - retournez x et y. Et convertir en octet pour économiser de l'espace tout en
on y est :

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Vous aimez stocker les volumes dans l'ordre x,y,z (c'est z qui varie le plus vite ! Je connais des gens qui
fais-le!)? D'accord.

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

Mais vous êtes un minimaliste (et cela ne vous dérange pas de tenter votre chance). Voici la même chose (mais il
pourrait casser pour un autre fichier):

mincreshape original.mnc nouveau.mnc -dimorder zspace

Assurons-nous que toutes les dimensions ont un attribut step négatif (voir l'option +direction
pour quelques détails) :

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Utiliser mincreshape en ligne en utilisant les services onworks.net


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