Il s'agit de la commande obrotate qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
obroter — angles dièdres de rotation par lots correspondant aux modèles SMARTS
SYNOPSIS
obroter « modèle SMARTS » nom de fichier atom1 atom2 atom3 atom4 angle
DESCRIPTION
Le programme obrotate fait pivoter l'angle de torsion (dièdre) d'une liaison spécifiée en molécules
à celui défini par l'utilisateur. En d'autres termes, il fait la même chose qu'un utilisateur définissant un angle dans
un progiciel de modélisation moléculaire, mais beaucoup plus rapide et en mode batch (c'est-à-dire sur plusieurs
molécules dans un fichier).
Les quatre identifiants d'atome requis sont des index dans le modèle SMARTS, qui commence à l'atome 0
(zéro). L'angle fourni est en degrés. Les deux atomes utilisés pour définir l'angle dièdre
et n'ont pas besoin d'être connectés aux atomes de la liaison et
de quelque manière que.
L'ordre des atomes est important -- la partie de la molécule attachée à et
restent fixes, mais la partie liée à et & se déplace.
EXEMPLES
Disons que vous voulez définir la conformation d'un grand nombre de molécules avec un
échafaudage pyridyle et substitué par une chaîne aliphatique en position 3, par exemple pour
à des fins d'amarrage ou 3D-QSAR.
Pour définir la valeur du premier angle dièdre à 90 degrés :
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Ici, 6 et 7 définissent la liaison à tourner dans le modèle SMARTS, c'est-à-dire c1-C et les atomes 5 et 8
définir l'angle dièdre particulier à faire pivoter.
Puisque les atomes pour définir le dièdre n'ont pas besoin d'être directement connectés, l'azote dans
la pyridine peut être utilisée :
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90
Maintient l'anneau pyridyle fixe et déplace la chaîne aliphatique :
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Gardez la chaîne aliphatique fixe et déplacez l'anneau pyridyle :
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90
Utiliser obrotate en ligne en utilisant les services onworks.net
