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phytime - En ligne dans le Cloud

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Il s'agit de la commande phytime qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

Nom


phytime - Estimation bayésienne des temps de divergence à partir d'alignements de séquences volumineux

DESCRIPTION


L'estimation bayésienne des temps de divergence à partir de séquences moléculaires repose sur des méthodes sophistiquées.
Les techniques de Monte Carlo par chaîne de Markov et les échantillonneurs Metropolis-Hastings (MH) ont été
utilisé avec succès dans ce contexte. Cette approche implique de lourdes charges de calcul qui
peut entraver l'analyse de grands ensembles de données phylogénomiques. Une estimation fiable de la divergence
les temps peuvent également être extrêmement longs, voire impossibles, pour les alignements de séquences
qui transmettent des signaux phylogénétiques faibles ou contradictoires, soulignant la nécessité de davantage
méthodes d'échantillonnage efficaces. Cet article décrit une nouvelle approche qui estime
densité a posteriori des taux de substitution et des temps de passage des nœuds. La distribution a priori des taux
explique leur autocorrélation potentielle le long des lignées, tandis que les priors sur les âges des nœuds
sont modélisées avec des densités uniformes. De plus, la fonction de vraisemblance est approximée par une
densité normale multivariée. La combinaison de ces composantes conduit à des
simplifications mathématiques, permettant d'établir la distribution postérieure des taux et des temps
Estimé à l'aide d'un algorithme d'échantillonnage de Gibbs. L'analyse de quatre ensembles de données réelles
montre que cet échantillonneur surpasse l'approche MH standard et démontre la
adéquation de cette nouvelle méthode à l’analyse d’ensembles de données volumineux et/ou difficiles.

SYNOPSIS


phytime [arguments de commande]

OPTIONS


Toutes les options ci-dessous sont facultatives, à l'exception de « -i », « -u » et « --calibration ».

Options de commande :

-i (ou --saisir) nom_fichier_séq

seq_file_name est le nom du fichier de séquence de nucléotides ou d'acides aminés dans PHYLIP
le format.

-d (ou --Type de données) type_de_données

data_type est « nt » pour les nucléotides (par défaut), « aa » pour les séquences d'acides aminés, ou
'générique', (utilisez le format de fichier NEXUS et le paramètre 'symboles' ici).

-q (ou --séquentiel)

Change le format entrelacé (par défaut) en format séquentiel.

-m (ou --maquette) maquette

modèle : nom du modèle de substitution. - Modèles basés sur les nucléotides : HKY85 (par défaut) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | personnalisé (*) (*) : pour l'option personnalisée, un
Une chaîne de six chiffres identifie le modèle. Par exemple, 000000

correspond à F81 (ou JC69 à condition que la distribution des fréquences nucléotidiques soit
uniforme). 012345 correspond à GTR. Cette option peut être utilisée pour encoder n'importe quel
modèle qui est imbriqué dans GTR.

- Modèles basés sur les acides aminés : LG (par défaut) | WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut |
RtREV | CpREV | VT

Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw |
VIHb | personnalisé

--aa_rate_file nom de fichier

filename est le nom du fichier qui fournit le taux de substitution des acides aminés
matrice au format PAML. Il est obligatoire d'utiliser cette option lors de l'analyse d'amino
séquences acides avec le modèle « personnalisé ».

--étalonnage nom de fichier

nom de fichier est le nom du fichier d'étalonnage qui fournit une définition a priori
limites d'âge des nœuds. Veuillez consulter le manuel pour plus d'informations sur les
format de ce fichier.

-t (ou --ts/tv) ts/tv_ratio

ts/tv_ratio : rapport transition/transversion. Séquences d'ADN uniquement. Peut être fixe.
valeur positive (ex:4.0) ou e pour obtenir l'estimation de vraisemblance maximale.

-v (ou --pinv) prop_invar

prop_invar : proportion de sites invariables. Peut être une valeur fixe dans [0,1]
range ou e pour obtenir l'estimation de vraisemblance maximale.

-c (ou --nclasses) nb_subst_cat

nb_subst_cat : nombre de catégories de taux de substitution relative. Valeur par défaut :
nb_subst_cat=4. Doit être un entier positif.

-a (ou --alpha) gamma

gamma : distribution du paramètre de forme de la distribution gamma. Peut être une valeur fixe.
valeur positive ou e pour obtenir l'estimation de vraisemblance maximale.

-u (ou --arbre d'entrée) fichier_arborescence_utilisateur

user_tree_file : nom du fichier de l'arbre de départ. L'arbre doit être au format Newick.

--r_seed num

num est la valeur de départ utilisée pour lancer le générateur de nombres aléatoires. Doit être un entier.

--run_id ID_string

Ajoutez la chaîne ID_string à la fin de chaque fichier de sortie PhyML. Cette option peut
être utile lors de l'exécution de simulations impliquant PhyML.

--silencieux

Pas de question interactive (pour s'exécuter en mode batch) et sortie silencieuse.

--no_memory_check

Pas de question interactive sur l'utilisation de la mémoire (pour une exécution en mode batch). Sortie normale
autrement.

--chain_len num

num est le nombre de générations ou d'exécutions de la méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov. Défini sur
1E+6 par défaut. Doit être un entier.

--fréquence_d'échantillonnage num

La chaîne est échantillonnée toutes les générations. Par défaut, elle est définie sur 1E+3. Doit être un
entier.

--pas_de_données

Utilisez cette option pour échantillonner uniquement à partir des priors (plutôt qu'à partir de l'articulation postérieure)
densité des paramètres du modèle).

--fastlk

Utilisez l'approximation normale multivariée de la vraisemblance et accélérez
calculs

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