Il s'agit de la commande phyutility qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
phyutility - outils pour manipuler les séquences et les phylogénies
SYNOPSIS
phyutilité
DESCRIPTION
Phyutility est un programme en ligne de commande qui effectue des analyses ou des modifications simples sur
à la fois des arbres et des matrices de données.
OPTIONS
Pour obtenir de l'aide sur une commande spécifique, utilisez l'option -h
COMMANDES
pour des arbres:
consensus
Calculer les arbres de consensus. Utilisez comme -con -t -dans -dehors
.
convertir
Convertir des fichiers d'arborescence. Utilisez comme -vert -in -dehors .
poignarder
Calcul de l'indice de stabilité des feuilles. Utilisez comme -ls -in .
linmove
Calcul de mouvement de lignage. Utilisez comme -lm -names -arbre
-dans -dehors .
pruneau
Tailler les lignées. Utilisez comme -pr -names -dans -dehors .
rerooter
Re-enraciner les arbres. Utilisez comme -rr -names -dans -dehors .
mince
Arbres minces. Utilisez comme -tt # -in -dehors .
arbresupp
Support pour un ensemble d'arbres. Utilisez comme -ts -tree -dans -dehors .
pour séquences :
espace extérieur plus propre,
Coupez les séquences en fonction du seuil. Utilisez comme -clean # -in -dehors -aa
.
concat
Concaténer les alignements. Utilisez comme -concat -in -dehors -aa
forcer aa>.
nbiget
Récupérer les séquences de NCBI. Pour les options, exécutez phyutility -h ncbiget.
ncbirecherche
Recherchez NCBI. Pour les options, exécutez phyutility -h ncbisearch.
analyser
Analyser les résultats de la banque de données. Pour les options, exécutez phyutility -h parse.
EXEMPLE
phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
Consensus l'ensemble des arbres dans testall.tre s'effondrant branches avec moins de 0.5
fréquences.
phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
Convertissez le fichier tree de newick dans test.tre en nexus dans testvert.nex.
phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
Concaténez 2 fichiers d'alignement dans nexus dans testall.nex.
Utiliser phyutility en ligne à l'aide des services onworks.net
