Il s'agit de la commande pls2fasta qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
pls2fasta - convertit les fichiers plx.h5/bax.h5/fofn en fichiers fasta ou fastq
SYNOPSIS
svp2fasta in.bax.h5 out.fasta [Options]
DESCRIPTION
Bien que les fichiers fasta soient fournis avec chaque exécution, ils ne sont ni découpés ni divisés en
sous-lectures. Ce programme prend en compte des informations d'annotation supplémentaires, telles que la sous-lecture.
coordonnées et régions de haute qualité, et les utilise pour créer des séquences rapides qui sont
Sous-chaînes de toutes les bases appelées. La plupart du temps, il est préférable de supprimer les lectures de mauvaise qualité.
vous devez donc préciser -trimByRegion.
OPTIONS
in.bax.h5
Fichier d'entrée plx.h5/bax.h5/fofn.
out.fasta
Fichier de sortie fasta/fastq.
-trimByRegion
Supprimez les zones de mauvaise qualité.
-maskByRegion
Masquez les régions de faible qualité avec « N ».
-regionTable Plus-value
Fichier HDF facultatif avec un /PulseData/Régions jeu de données.
-minLongueurSous-lecture Plus-value
N'écrivez pas de sous-lectures inférieures à la longueur spécifiée.
-noSplitSubreads
Ne divisez pas les lectures sur les séquences d'adaptateur.
-holeNumber
Imprimez uniquement ce numéro de trou (ou liste de numéros).
-rapide Imprimez au format FASTQ avec qualité.
-ccs Imprimer des séquences de consensus circulaire (ccs) de novo
-longueur de ligne Plus-value
Spécifier la longueur de la ligne fasta/fastq
-minReadScore Plus-value
Score de lecture minimal pour imprimer une lecture. Le score est un nombre compris entre 0 et 1000 XNUMX.
représente le pourcentage de précision attendu * 10. Une valeur typique serait comprise entre
750 et 800. Ceci ne s'applique pas aux lectures ccs.
-meilleur Si une séquence CCS existe, affichez-la. Sinon, affichez la sous-lecture la plus longue. Ceci
ne prend pas en charge fastq.
Utilisez pls2fasta en ligne avec les services onworks.net
