Il s'agit de la commande positionDB qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
positionDB - gestion des fichiers posDB
SYNOPSIS
positionDB [-mersize k] [-merskip k] [-utiliser a-b,c] [-merbegin b] [-merend e] -séquence
s.fasta -sortir p.posDB
positionDB -déverser fichier de données
positionDB -test1 séquence.fasta
positionDB -test2 db.fasta séquence.fasta
OPTIONS
Développer an image
-mersize k
La taille des mers, par défaut = 20.
-merskip k
Le saut entre les mers, par défaut = 0
-utiliser a-b,c
Spécifiez les séquences à utiliser, par défaut = toutes
-merbegin b
Construire sur un sous-ensemble des mers, en commençant par le mer #b, par défaut = tous les mers
-merend e
Construire sur un sous-ensemble des mers, se terminant au mer #e, par défaut = tous les mers
-séquence s.fasta
Séquences d'entrée.
-sortir p.posDB
Nom du fichier de sortie.
Dumping d'information à propos an image
-déverser fichier de données.posDB
Fonctionnement santé mentale tests
-test1 séquence.fasta
Teste si chaque mer est trouvé dans le positionDB. Signale s'il ne trouve pas
Un mer à la bonne position. Ne signale pas si la table contient trop de choses.
-test2 db.fasta séquence.fasta
Construit un positionDB grâce au db.fasta, puis recherche dans la table chaque mer dans
séquence.fastaSignale tous les mers qu'il trouve.
C'est un test idiot et vous ne devriez pas le faire.
Utiliser positionDB en ligne à l'aide des services onworks.net
