rdkit2fps - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

rdkit2fps - rdkit2fps

DESCRIPTION

utilisation : rdkit2fps [-h] [--fpSize INT] [--RDK] [--minPath INT] [--maxPath INT]

[--nBitsPerHash INT] [--useHs 0|1] [--morgan] [--radius INT] [--useFeatures 0|1]
[--useChirality 0|1] [--useBondTypes 0|1] [--torsions] [--targetSize INT] [--pairs]
[--minLength INT] [--maxLength INT] [--maccs166] [--substruct] [--rdmaccs]
[--id-tag NOM] [--in FORMAT] [-o FILENAME] [--errors {strict,report,ignore}]
[noms de fichiers [noms de fichiers ...]]

Générer des empreintes digitales FPS à partir d'un fichier de structure à l'aide de RDKit

positionnel arguments:
noms de fichiers
fichiers de structure d'entrée (la valeur par défaut est stdin)

facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter

--fpTaille INT
nombre de bits dans l'empreinte digitale (s'applique à RDK, Morgan, torsion topologique et
empreintes de paires d'atomes (par défaut = 2048)

--identifiant Nom
nom de la balise contenant l'identifiant de l'enregistrement (fichiers SD uniquement)

--dans Format
format de la structure d'entrée (devine par défaut à partir du nom de fichier)

-o NOM DE FICHIER --output NOM DE FICHIER
enregistrer les empreintes digitales dans FILENAME (par défaut = stdout)

--les erreurs {strict,rapport,ignorer}
comment gérer les erreurs d'analyse de structure ? (par défaut=strict)

Kit RDK topologique empreintes:
--RDK générer des empreintes RDK (par défaut)

--minChemin INT
nombre minimum d'obligations à inclure dans le sous-graphe (par défaut=1)

--maxPath INT
nombre maximum d'obligations à inclure dans le sous-graphe (par défaut=7)

--nBitsParHash INT
nombre de bits à définir par chemin (par défaut=4)

--useHs 0 | 1
inclure des informations sur le nombre d'hydrogènes sur chaque atome (par défaut = 1)

Kit RDK Morgan empreintes:
--Morgan
générer des empreintes Morgan

--rayon INT
rayon pour l'algorithme de Morgan (par défaut=2)

--useFeatures 0 | 1
utiliser des invariants de caractéristiques chimiques (par défaut = 0)

--useChiralité 0 | 1
inclure les informations de chiralité (par défaut=0)

--useBondTypes 0 | 1
inclure les informations sur le type d'obligation (par défaut=1)

Kit RDK Topologique Torsion empreintes:
--torsions
générer des empreintes de torsion topologique

--taillecible INT
nombre de bits dans l'empreinte digitale (par défaut=4)

Kit RDK Atom Paire empreintes:
--paires
générer des empreintes digitales de paires d'atomes

--Longueur minimale INT
nombre de liaisons minimum pour une paire (par défaut=1)

--longueur maximale INT
nombre maximal de liaisons pour une paire (par défaut = 30)

166 Bits MACCS structure clés:
--maccs166
générer des empreintes MACCS

881 Bits structure clés:
--substruct
générer des empreintes de sous-structure ChemFP

ChemFP version of le 166 Bits RDKit/MACCS clés:
--rdmaccs
générer des empreintes RDKit/MACCS 166 bits

Ce programme devine le format de la structure d'entrée en fonction de l'extension du nom de fichier. Si la
les données proviennent de stdin, ou le nom de l'extension est inconnu, puis utilisez "--in" pour changer le
format d'entrée par défaut. Les extensions de format prises en charge sont :

Type de fichier
FORMATS valides (utilisez gz si compressé)

--------- ------------------------------------

Nos
smi, ism, peut, smi.gz, ism.gz, can.gz

SDF sdf, mol, sd, mdl, sdf.gz, mol.gz, sd.gz, mdl.gz

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