Il s'agit de la commande sequin qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
Psequin - soumettre des séquences à Genbank, EMBL et DDBJ
SYNOPSIS
Psequin [-b] [-bse] [-e] [-f nom de fichier] [-gc] [-h] [-oldaln] [-oldasn] [-vieuxgph] [-ancienseq]
[-ancienne source] [-s] [-w] [-x]
DESCRIPTION
Psequin est un programme conçu pour aider à la soumission de séquences à la GenBank, EMBL,
et les bases de données de séquences DDBJ. Il a été écrit au Centre national de biotechnologie
Information, qui fait partie de la Bibliothèque nationale de médecine des National Institutes of
La santé.
Psequin peut assembler les éléments essentiels d'un enregistrement GenBank à partir du simple format FASTA
fichiers texte. Par exemple, le programme obtient le code génétique approprié d'un organisme
nom, et détermine automatiquement les intervalles de région de codage par rétro-traduction à partir du
séquence protéique. Une fenêtre d'aide en ligne défile jusqu'à l'endroit approprié selon l'utilisateur
se déplace entre et dans les formulaires de saisie de données, en donnant des détails pertinents sur les informations
attendu.
Psequin contient également un certain nombre de fonctions de validation intégrées pour l'assurance qualité.
Les caractéristiques telles que les sites d'épissage et les traductions de régions de codage sont vérifiées pour l'exactitude ou
la cohérence interne. Double-cliquer sur un message d'erreur lance un éditeur approprié
par lequel l'utilisateur peut corriger les problèmes.
Psequin fournit des vues en direct et cliquables des données dans une variété de formats, y compris un
formulaire de rapport, fichier plat GenBank, fichier plat EMBL et une vue graphique. Double-cliquer sur un
élément dans l'un de ces formats lance un éditeur pour cet élément. L'éditeur est capable de
maintenir les positions correctes de la table d'entités pendant que la séquence sous-jacente est modifiée. Ça peut
afficher des caractéristiques sur la séquence pendant l'édition, et permet aux intervalles de caractéristiques d'être
ajusté par manipulation directe.
OPTIONS
-b Mode Bioseq-set
-bse mode binseqentry
-e Entrez en mode
-f nom de fichier
Lire de nom de fichier
-gc mode centre du génome
-h désactiver l'aide automatique
-oldaln
utiliser un ancien lecteur d'alignement
-oldasn
laisser comme ancien ASN.1
-vieuxgph
utiliser l'ancienne vue graphique
-ancienseq
utiliser l'ancienne vue de séquence
-ancienne source
utiliser l'ancien format source de fichier plat
-s mode sous-outil
-w mode établi
-x lire à partir de l'entrée standard
Utilisez des paillettes en ligne en utilisant les services onworks.net
