showfeate - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

showfeat - Affiche les caractéristiques d'une séquence dans un joli format

SYNOPSIS

showfeat -séquence suite [-correspondance source string] [-typematch string] [-matchmatch string]
[-valeurmatch string] [-sorte liste] [-joindre les fonctionnalités booléen] [-annotation gamme]
-html booléen -identifiant booléen -la description booléen -échelle booléen -largeur int
-effondrer booléen -effronté booléen -inverser booléen -inconnue booléen
-brin booléen -origine booléen -positionner booléen De type booléen -Mots clés booléen
-valeurs booléen -balises strictes booléen -fichier de sortie fichier de sortie

showfeat -Aide

DESCRIPTION

showfeat est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Affichage,Tableaux d'objets".

OPTIONS

Entrée
-séquence suite

Supplémentaire
-correspondance source string
Par défaut, toutes les sources d'entités du tableau des entités sont affichées. Vous pouvez régler cela pour qu'il corresponde
toute source d'entités que vous souhaitez afficher. Le nom de la source est généralement soit le nom du
programme qui a détecté la caractéristique ou c'est la table des caractéristiques (ex : EMBL) que le
fonctionnalité est venue. La source peut être générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez montrer plus
plus d'une source, séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : gene* | embl par défaut
valeur: *

-typematch string
Par défaut, tout type d'entité dans le tableau des caractéristiques est affiché. Vous pouvez régler cela pour qu'il corresponde
tout type d'entité que vous souhaitez afficher. Voir http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pour une liste
des types de fonctions EMBL et voir l'annexe A du manuel d'utilisation de Swissprot dans
http://www.expasy.org/sprot/userman.html pour une liste des types d'entités Swissprot.
Le type peut être générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez afficher plus d'un type,
séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : *UTR | intron Valeur par défaut : *

-matchmatch string
Les balises sont les types de valeurs supplémentaires qu'une fonctionnalité peut avoir. Par exemple à l'EMBL
tableau des caractéristiques, une caractéristique de type 'CDS' peut avoir les balises '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' ou '/usedin'.
Certaines de ces balises ont également des valeurs, par exemple '/gene' peut avoir la valeur du
nom du gène. Par défaut, toutes les balises de caractéristiques du tableau des caractéristiques sont affichées. Vous pouvez définir ceci
pour correspondre à n'importe quelle balise de fonctionnalité que vous souhaitez afficher. La balise peut être générique en utilisant '*'. Si
vous souhaitez afficher plus d'une balise, séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple :
gène | étiquette Valeur par défaut : *

-valeurmatch string
Les valeurs de balise sont les valeurs associées à une balise de fonctionnalité. Les balises sont les types d'extra
valeurs qu'une caractéristique peut avoir. Par exemple, dans le tableau des caractéristiques EMBL, un type « CDS » de
fonctionnalité peut avoir les balises '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table' ou '/usedin'. Seules certaines de ces balises peuvent avoir
valeurs, par exemple '/gene' peuvent avoir la valeur du nom du gène. Par défaut tout
la valeur de la balise de caractéristique dans la table de caractéristique est affichée. Vous pouvez le définir pour qu'il corresponde à n'importe quelle fonctionnalité
valeur de la balise que vous souhaitez afficher. La valeur de la balise peut être remplacée par un caractère générique en utilisant '*'. Si vous le souhaitez
pour afficher plus d'une valeur de balise, séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : pax*
| 10 Valeur par défaut : *

-sorte liste
Valeur par défaut : démarrer

-joindre les fonctionnalités booléen
Valeur par défaut : N

-annotation gamme
Régions à annoter par marquage. S'il n'est pas renseigné, aucune annotation n'est ajoutée. UNE
ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions suivi d'un texte facultatif.
Les positions sont des nombres entiers. Ils sont suivis de tout texte (mais pas de chiffres lorsqu'ils sont sur le
ligne de commande). Exemples de spécifications de région : 24-45 nouveau domaine 56-78 correspond à
Souris 1-100 Première partie 120-156 oligo Un fichier de plages à annoter (une plage par ligne)
peut être spécifié comme '@filename'.

Avancé
-html booléen
Valeur par défaut : N

-identifiant booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher le nom d'identification de la séquence.
Valeur par défaut : O

-la description booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher la description de la séquence.
Valeur par défaut : O

-échelle booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher la ligne d'échelle. Valeur par défaut : O

-largeur int
Vous pouvez augmenter (ou réduire) la largeur de l'affichage graphique en caractères ASCII du
positions des entités utilisant cette valeur. Par exemple, une largeur de 80 caractères
couvrirait une largeur de page standard et une largeur de 10 caractères serait presque
illisible. Si la largeur est inférieure à 4, les lignes graphiques et la ligne d'échelle
ne sera pas affiché. Valeur par défaut : 60

-effondrer booléen
Si cela est défini, alors les caractéristiques de la même source et du même type et sens sont
tous imprimés sur la même ligne. Par exemple s'il y a plusieurs fonctionnalités de l'EMBL
table des caractéristiques (c'est-à-dire la même source) qui sont toutes de type 'exon' dans le même sens,
alors ils seront tous affichés sur la même ligne. Cela rend difficile la distinction
caractéristiques qui se chevauchent. Si ce paramètre est défini sur false, chaque caractéristique est affichée sur un
ligne distincte facilitant la distinction du début et de la fin des entités. Défaut
valeur : N

-effronté booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher les fonctionnalités de détection avant. Défaut
valeur : O

-inverser booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher les caractéristiques de sens inverse. Défaut
valeur : O

-inconnue booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher les caractéristiques de détection inconnues. (c'est à dire.
caractéristiques sans directionnalité - toutes les caractéristiques protéiques sont de ce type et certaines
caractéristiques nucléiques (par exemple, régions riches en CG)). Valeur par défaut : O

-brin booléen
Réglez-le si vous souhaitez afficher le volet des fonctionnalités. Les caractéristiques des protéines sont
toujours sans direction (indiqué par « 0 »), l'avant est indiqué par « + » et l'arrière est
'-'. Valeur par défaut : N

-origine booléen
Réglez-le si vous souhaitez afficher l'origine des entités. Le nom de la source est généralement
soit le nom du programme qui a détecté la fonctionnalité, soit le nom du
table des caractéristiques (par exemple : EMBL) d'où provient la caractéristique. Valeur par défaut : N

-positionner booléen
Réglez-le si vous souhaitez afficher la position de début et de fin des fonctions. Si plusieurs
caractéristiques sont affichées sur la même ligne, les positions de début et de fin seront
être joint par une virgule, par exemple : '189-189,225-225'. Valeur par défaut : N

De type booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher le type des fonctionnalités. Défaut
valeur : O

-Mots clés booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher les balises et les valeurs du
caractéristiques. Valeur par défaut : N

-valeurs booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher les valeurs de balise des entités. Si
ceci est défini sur false, seuls les noms des balises seront affichés. Si les balises ne sont pas
affiché, les valeurs ne seront pas affichées. La valeur de la balise 'traduction'
n'est jamais affiché car il est souvent extrêmement long. Valeur par défaut : O

-balises strictes booléen
Par défaut, si une paire balise/valeur dans une entité correspond à la balise et à la valeur spécifiées,
alors toutes les balises/paires de valeurs de cette caractéristique seront affichées. Si cela doit être
true, alors uniquement les paires balise/valeur dans une entité qui correspondent à la balise spécifiée et
valeur sera affichée. Valeur par défaut : N

Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie

Utilisez showfeate en ligne en utilisant les services onworks.net