snap-aligner-index - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

snap-aligner_index - programme d'alignement de nucléotides évolutif

SYNOPSIS

aligneur indice []

DESCRIPTION

Bienvenue dans SNAP version 1.0beta.18.

OPTIONS

-s Taille de la graine (par défaut : 20)

-h Table de hachage slack (par défaut : 0.3)

-hg19 Utilisez le biais de table pré-calculé pour hg19, ce qui se traduit par une meilleure vitesse, un meilleur équilibre et un
index plus petit, mais ne fonctionne que pour la référence humaine complète.

-Ofacteur
Ce paramètre est obsolète et sera ignoré.

-tMaxThreads
Spécifiez le nombre maximal de threads à utiliser. La valeur par défaut est le nombre de cœurs.

-B
Spécifiez les caractères à utiliser comme terminateurs de nom de chromosome dans la ligne d'en-tête FASTA ;
ces caractères et tout ce qui suit ne font pas partie du nom du chromosome. Vous devez
spécifier tous les caractères sur un seul -B changer. Ainsi, par exemple, avec -B_|, le
La ligne d'en-tête FASTA '>chr1|Chromosome 1' générerait un chromosome nommé 'chr1'.
Il y a un indicateur séparé pour indiquer qu'un espace est un terminateur.

-bEspace
Indique que le caractère espace est un terminateur pour les noms de chromosomes (voir -B
dessus). Ceci peut être utilisé en plus d'autres terminateurs spécifiés par -B. -B et
-bEspace Sont sensibles à la casse.

-pRemplissage
Spécifiez le nombre de N à mettre comme remplissage entre les chromosomes. Cela doit être aussi
grande que la plus grande distance d'édition que vous utiliserez jamais, et il y a une performance
l'avantage d'être plus gros que n'importe quelle lecture que vous traiterez. La valeur par défaut est 500

-HFichierHistogramme
Construisez un histogramme de la popularité des graines. Ceci est juste pour information, il n'est pas utilisé
par SNAP.

-exact Calculez exactement la taille des tables de hachage. Cela ralentira la construction de l'index, mais généralement
se traduira par des indices plus petits.

-taille de la clé
Le nombre d'octets à utiliser pour la clé de table de hachage. Des valeurs plus élevées augmentent le SNAP
empreinte mémoire, mais autoriser des graines plus grosses. Par défaut : 4

-grand Construisez un index plus grand qui est un peu plus rapide, en particulier pour les exécutions avec
paramètres rapides/imprécis. Augmente la taille de l'index d'environ 30 %, selon le
autres paramètres d'index et le contenu du génome de référence

-emplacementTaille
La taille des emplacements du génome stockés dans l'index. Cela peut aller de 4 à 8
octets. Les emplacements doivent être suffisamment grands non seulement pour indexer le génome, mais aussi
pour laisser un peu d'espace pour représenter les graines qui se produisent plusieurs fois. Pour le
génome humain, il s'adaptera à quatre emplacements d'octet si la taille de la graine est de 19 ou
plus gros, mais il en faut 5 (ou plus) pour les petites graines. Agrandir la taille de l'emplacement
que nécessaire ne fera que gaspiller (beaucoup) d'espace, donc à moins que vous ne fassiez quelque chose
assez inhabituel, la bonne réponse est 4 ou 5. La valeur par défaut est 4

-sm Utilisez un fichier temporaire pour mieux travailler dans une mémoire plus petite. Cela n'aide que peu, mais
peut faire la différence si vous êtes proche. En particulier, cela utilisera généralement moins
mémoire que l'index utilisera une fois qu'il sera construit, donc si cela ne fonctionne pas, vous ne le ferez pas
pouvoir utiliser l'index de toute façon. Cependant, si vous avez suffisamment de mémoire pour commencer
avec, cette option ralentira simplement la construction de l'index en faisant des E/S supplémentaires inutiles.

Utilisez snap-aligner-index en ligne à l'aide des services onworks.net