TrimmomaticSE - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

TrimmomaticPE - outil de rognage de lecture flexible pour les données Illumina NGS

SYNOPSIS

Mode de fin jumelé :

TrimmomaticPE [-fils discussions] [-phred33 | -phred64] [-trimlog fichier journal] apparié sortie
1 non apparié sortie 1 apparié sortie 2 non apparié sortie 2 étape 1 ...

Mode fin unique :

TrimmomaticSE [-fils discussions] [-phred33 | -phred64] [-trimlog fichier journal] sortie étape 1
...

DESCRIPTION

Trimmomatic effectue une variété de tâches de rognage utiles pour illumina appariées et simples
données terminées. La sélection des étapes de rognage et leurs paramètres associés sont fournis sur
la ligne de commande.

OPTIONS

-phred
Si aucun score de qualité n'est spécifié, phred-64 est la valeur par défaut.

-trimlog
La spécification d'un fichier trimlog crée un journal de tous les rognages de lecture, indiquant le
détails suivants:

· le nom lu

· la durée de la séquence survivante

· l'emplacement de la première base survivante, alias. le montant coupé depuis le début

· l'emplacement de la dernière base survivante dans la lecture originale

· le montant coupé de la fin

Plusieurs étapes peuvent être spécifiées selon les besoins, en utilisant des arguments supplémentaires à la fin.

La plupart des étapes nécessitent un ou plusieurs paramètres, délimités par ´:´ (deux-points)

Options d'étape :

ILLUMINACLIP : : : :
fastaWithAdaptersEtc : spécifie le chemin d'accès à un fichier fasta contenant tous les adaptateurs, séquences PCR, etc.
Le nom des différentes séquences dans ce fichier détermine leur utilisation. Voir ci-dessous.
seedMismatches : spécifie le nombre maximal de discordances qui permettra toujours d'effectuer une correspondance complète
palindromeClipThreshold : spécifie la précision avec laquelle la correspondance entre les deux lectures « adaptateur ligaturé » doit être pour l'alignement des lectures palindrome PE.
simpleClipThreshold : spécifie la précision de la correspondance entre une séquence d'adaptateurs, etc., par rapport à une lecture.
.
Les adaptateurs sont installés sur le système Debian dans /usr/share/trimmomatic/.

FENÊTRE COULISSANTE: :
windowSize : spécifie le nombre de bases à moyenner sur
requiredQuality : spécifie la qualité moyenne requise.

PREMIER:
qualité : Spécifie la qualité minimale requise pour conserver une base.

SUIVI :
qualité : Spécifie la qualité minimale requise pour conserver une base.

RECADRER:
length : Le nombre de bases à conserver, depuis le début de la lecture.

COUPE DE TÊTE :
length : Le nombre de bases à supprimer depuis le début de la lecture.

LONGUEUR MINIMALE:
length : spécifie la longueur minimale des lectures à conserver.

Ordre de rognage

Le rognage se produit dans l'ordre dans lequel les étapes sont spécifiées sur la ligne de commande. Il est
recommandé dans la plupart des cas que le clippage de l'adaptateur, si nécessaire, soit effectué dès
de qualité.

EXEMPLES

Fin appariée :

TrimmomaticPE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
voie1_avant_unpaired.fq.gz voie1_reverse_paired.fq.gz voie1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
COULISSANTE:4:15 MINLEN:36

Cela effectuera les opérations suivantes :

Supprimer les adaptateurs
Supprimer les principales bases de faible qualité ou N (en dessous de la qualité 3)
Supprimer les bases de faible qualité ou N (inférieures à la qualité 3)
Scannez la lecture avec une fenêtre coulissante large de 4 bases, coupant lorsque la qualité moyenne par base tombe en dessous de 15
Baisse des lectures en dessous des 36 bases de long

L'équivalent pour les lectures asymétriques est :

TrimmomaticSE s_1_1_sequence.txt.gz voie1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
COULISSANTE:4:15 MINLEN:36

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