ugene - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

UGÈNE - suite bioinformatique intégrée

SYNOPSIS

Ugene -interface utilisateur

Ugene [OPTIONS]

DESCRIPTION

UGÈNE est un environnement multiplateforme pour l'analyse de séquences d'ADN et de protéines. UGÈNE
intègre les algorithmes de calcul bioinformatiques les plus populaires et fournit à la fois une interface graphique
et une interface de ligne de commande pour effectuer une analyse complexe des données génomiques.

Les principales caractéristiques de UGÈNE:

* Visualisation et analyse de séquences d'ADN ou de protéines annotées

* Visualisation et édition des chromatogrammes

* Visionneuse 3D intégrée pour les fichiers aux formats PDB et MMDB

* Prise en charge intégrée des demandes de recherche dans les bases de données NCBI

* Alignement de séquences multiples à l'aide de MUSCLE3, MUSCLE4 et KAlign

* Création et recherche de profils HMM, en fonction de la source de HMMER2 et HMMER3

* Algorithmes modernes de prédiction de la structure secondaire des protéines basés sur GORIV et PsiPred

* Analyse phylogénétique avec Phylip

* Conception d'amorces PCR à l'aide du package Primer3

* Clonage in silico

* Recherche de sites de liaison aux facteurs de transcription dans les séquences d'ADN à l'aide de SITECON

* Recherche d'enzymes de restriction et intégration avec REBASE

* Recherche de répétitions directes et inversées

* Assemblage de référence ADN à l'aide de Bowtie

* Traduction de retour de protéine

* Recherche d'ORF

* Concepteur pour les flux de travail et les requêtes de calcul complexes

UGÈNE a une structure modulaire et presque toutes ses fonctionnalités se trouvent dans des plugins.
Intérieurement UGÈNE est conçu avec le support du parallélisme pour tirer profit de l'utilisation
ordinateurs multicœurs. Chaque tâche de calcul dans UGÈNE est exécuté en arrière-plan et ne
ne pas bloquer l'interaction de l'utilisateur avec l'interface graphique.

OPTIONS

-interface utilisateur exécuter la version GUI de UGÈNE

--Aidez-moi imprimer un message d'utilisation résumant brièvement toutes les options de la ligne de commande et le programme
version, puis quittez.

--Licence
vidage des informations de licence

--task= or nom-schéma> [options de schéma]
exécuter un schéma de workflow donné

--statut-bar-masquer
ne pas afficher la barre d'état des tâches

--ini-fichier=
charger le fichier de paramètres UGENE personnalisé

--log-no-show-level
ne pas afficher le niveau du message dans le journal

--log-no-show-date
ne pas afficher les informations de date et d'heure dans le journal

--log-no-show-category
ne pas afficher la catégorie de message dans le journal

--log-level-trace
afficher les messages du journal de suivi

--log-level-aucun
ne pas afficher les messages de journal

--log-level-info
afficher les messages d'erreur et de journal d'informations (par défaut)

--erreur de niveau de journal
afficher uniquement les messages du journal d'erreurs

--log-level-détails
afficher les détails des messages du journal

--log-couleur-sortie
messages de sortie colorés

--task-remote-machine=
exécuter les tâches fournies sur une machine distante donnée

--ugene-stay-alive
ne pas arrêter ugene après avoir terminé les tâches données

--transl=
charger les traductions de la langue spécifiée. La langue est spécifiée sous forme d'ISO à deux lettres
639 code langue

COMMANDES

UGÈNE a des commandes pour les fonctionnalités les plus importantes. Les commandes peuvent être exécutées comme
Ugene [commande-arguments]
Ugene --task= [commande-arguments]
Voir l'aide pour chaque commande en cours d'exécution Ugene --help= .
La liste des commandes disponibles peut être vidé en utilisant Ugene --aider.

Utiliser ugene en ligne en utilisant les services onworks.net