Il s'agit de la commande vcf-annotate qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
vcf-annotate - annoter le fichier VCF, ajouter des filtres ou des annotations personnalisées
SYNOPSIS
cat dans.vcf | vcf-annoter [OPTIONS] > out.vcf
DESCRIPTION
À propos : annote le fichier VCF, en ajoutant des filtres ou des annotations personnalisées. Nécessite tabix indexé
fichier avec annotations.
Annote actuellement uniquement la colonne INFO, mais elle sera étendue à la demande.
OPTIONS
-a, --annotations
Le fichier indexé tabix avec les annotations : CHR\tFROM[\tTO][\tVALUE]+.
-c, --Colonnes
La liste des colonnes dans le fichier d'annotation, par exemple CHROM,FROM,TO,-,INFO/STR,INFO/GN.
Le tiret dans cet exemple indique que la troisième colonne doit être ignorée. Si A
n'est pas présent, on suppose que TO est égal à FROM.
-d, --la description
Annotation d'en-tête, par exemple key=INFO,ID=HM2,Number=0,Type=Flag,Description='HapMap2
adhésion'. Les descriptions peuvent être lues à partir d'un fichier, une annotation par ligne.
-f, --filtre
Appliquez des filtres, la liste est au format flt1=valeur/flt2/flt3=valeur/etc.
-h, - ?, --Aidez-moi
Ce message d'aide.
Filtres:
+ Appliquer tous les filtres avec des valeurs par défaut (peut être remplacé, voir l'exemple ci-dessous).
-X Exclure le filtre X
1, biais de brin
FLOAT Valeur P minimale pour le biais du brin (donné PV4) [0.0001]
2, BaseQualBias
FLOAT Valeur p minimale pour le biais baseQ [1e-100]
3, MapQualBias
FLOAT Valeur p minimale pour le biais mapQ [0]
4, FinDistBias
FLOAT Valeur p minimale pour le biais de distance de fin [0.0001]
a, MinAB
INT Nombre minimum de bases alternatives [2]
c, SnpCluster
INT1, INT2 Filtre les clusters de « INT1 » ou plus de SNP dans une série de
bases 'INT2' []
D, MaxDP
INT Profondeur de lecture maximale [10000000]
d, MinDP
INT Profondeur de lecture minimale [2]
q, MinMQ
INT Qualité minimale de mappage RMS pour les SNP [10]
Q, Qual
INT Valeur minimale du champ QUAL [10]
r, RéfN
La base de référence est N []
W, GapWin
INT Taille de la fenêtre pour filtrer les espaces adjacents [10]
w, SnpGap
INT SNP dans INT pb autour d'un écart à filtrer [10]
Exemple :
zcat dans.vcf.gz | vcf-annoter -a annotations.gz -d descriptions.txt | bgzip -c
>out.vcf.gz zcat in.vcf.gz | vcf-annoter -f +/-a/c=3,10/q=3/d=5/-D -a
annotations.gz -d descriptions.txt | bgzip -c >out.vcf.gz
Où descriptions.txt contient:
key=INFO,ID=GN,Number=1,Type=String,Description='Gene Name'
key=INFO,ID=STR,Number=1,Type=Integer,Description='Strand'
Utilisez vcf-annotate en ligne à l'aide des services onworks.net
