Il s'agit de la commande vcf-subset qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
vcf-subset - crée un sous-ensemble du fichier VCF
SYNOPSIS
vcf-sous-ensemble [OPTIONS] dans.vcf.gz > out.vcf
OPTIONS
-c, --Colonnes
Fichier ou liste de colonnes séparées par des virgules à conserver dans le fichier vcf. Si fichier, un
colonne par ligne
-e, --exclure-réf
Exclure les lignes ne contenant pas de variantes.
-p, --privé
Imprimez uniquement les lignes où seules les colonnes du sous-ensemble portent un allèle alternatif.
-r, --remplacer-par-réf
Remplacez les types exclus par l'allèle de référence au lieu du point.
-t, --taper
Liste de types de variantes séparés par des virgules à inclure : SNP, indels.
-u, --keep-non appelé
N'excluez pas les lignes sans appels.
-h, - ?, --Aidez-moi
Ce message d'aide.
EXEMPLES
chat dans.vcf | vcf-sous-ensemble -r -t indels -e -c ÉCHANTILLON1 > out.vcf
Utiliser vcf-subset en ligne à l'aide des services onworks.net
