Il s'agit de la commande Velveth qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
Velveth - programme de hachage simple
DESCRIPTION
Velveth - programme de hachage simple Version 1.2.09
OPTIONS
-brin_spécifique
: pour les données de séquençage du transcriptome spécifiques au brin (par défaut : désactivé)
-reuse_Sequences
: réutiliser le fichier Sequences (ou lien) déjà dans le répertoire (pas besoin de fournir l'original
noms de fichiers dans ce cas (par défaut : désactivé)
-reuse_binaire
: réutiliser le fichier (ou lien) des séquences binaires déjà dans le répertoire (pas besoin de fournir
noms de fichiers d'origine dans ce cas (par défaut : désactivé)
-noHash
: préparez simplement le fichier de séquences, ne hachez pas les lectures ou préparez le fichier de feuilles de route
(par défaut : désactivé)
-create_binaire
: crée un fichier binaire CnyUnifiedSeq (par défaut : désactivé)
Synopsis:
- Court unique fin lit comme suit:
Velveth Assemble 29 -court -rapide s_1_sequence.txt
- Fin appariée court lit (rappelles toi à entrelacer apparié lit):
Velveth Assemble 31 -shortAppairé -fasta entrelacé.fna
- Lectures courtes appariées (en utilisant des fichiers séparés pour les lectures appariées)
Velveth Assemble 31 -shortAppairé -fasta -séparé gauche.fa droite.fa
- Deux indirect et quelques Long lit comme suit:
Velveth Assemble 43 -court -rapide non mappé.fna -longPaire -fasta SangerReads.fasta
- Trois objectifs canaux:
Velveth Assemble 35 -shortAppairé -fasta pe_lib1.fasta -shortPaired2 pe_lib2.fasta
-court3 se_lib1.fa
Sortie :
répertoire/Répertoire Feuilles de route/Séquences
[Les deux fichiers sont récupérés par graphique, veuillez donc les laisser là]
DROIT D'AUTEUR
Copyright 2007, 2008 Daniel Zerbino ([email protected])
C'est un logiciel libre ; voir la source pour les conditions de copie. Il n'y a AUCUNE garantie ; ne pas
même pour la QUALITÉ MARCHANDE ou l'ADAPTATION À UN USAGE PARTICULIER.
Paramètres de compilation : CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 31
Utilisation : ./velveth répertoire hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
nom_fichier1 [nom_fichier2 ...]} {...} [options]
annuaire
: nom du répertoire pour les fichiers de sortie
longueur_hachage
: SOIT un entier impair (si pair, il sera décrémenté) <= 31 (si supérieur, sera
réduit) : OU : m,M,s où m et M sont des entiers impairs (sinon, ils seront
décrémenté) avec m < M <= 31 (si supérieur, sera réduit)
et s est un pas (nombre pair). Velvet va ensuite hacher de k=m à k=M avec un pas de
s
nom de fichier
: chemin vers le fichier de séquence ou - pour l'entrée standard
Fichier le format options:
-fasta -rapide -cru -fasta.gz -rapide.gz -cru.gz -sam -bam -fmtAuto
(Remarque: -fmtAuto détectera fasta ou fastq et essaiera les programmes suivants pour
décompression : gunzip, pbunzip2, bunzip2
Fichier disposition Options pour apparié lit (seulement pour fasta et rapide format):
-entrelacé
: Le fichier contient des lectures appariées entrelacées dans un seul fichier (par défaut)
-séparé
: Lire 2 fichiers séparés pour des lectures appariées
Lire type options:
-court -shortAppairé
-court2 -shortPaired2
-longue -longPaire
-référence
Utilisez Velveth en ligne en utilisant les services onworks.net
