Il s'agit de la commande WigeoN qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
wigeon - réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN Pintail 16S
DESCRIPTION
WigeoN examine la conservation de la séquence entre une requête et une référence de confiance
séquence, les deux au format d'alignement NAST. Basé sur l'identité de séquence entre la requête
et la séquence de référence, il y a une quantité attendue de variation parmi l'alignement.
Si la variation observée est supérieure au quantile à 95 % de la distribution de
variation observée entre des séquences non anormales, elle est alors signalée comme une anomalie.
WigeoN est une réimplémentation flexible basée sur la ligne de commande de l'algorithme Pintail Appl
Environ Microbiol. Déc. 2005 : 7112 : 7724-36.
WigeoN est utile pour signaler les chimères et les anomalies uniquement dans l'ARNr 16S presque complet
séquences. WigeoN manque de sensibilité avec des séquences inférieures à 1000 pb.
Pour exécuter WigeoN, vous avez besoin de séquences au format NAST générées par l'utilitaire nast-ier.
WigeoN fait partie de la suite microbiomeutil.
OPTIONS
Obligatoire:
--query_NAST
fichier multi-fasta contenant des séquences de requêtes au format d'alignement
En option:
--db_NAST
db au format NAST
--db_FASTA
db au format fasta (formaté mégablast)
--num_top_hits
par défaut 1 : utilise uniquement la meilleure correspondance.
--terrain
--DÉBOGUER
--rép_exec
cd à exec_dir avant d'exécuter
Utilisez WigeoN en ligne en utilisant les services onworks.net
