Il s'agit de l'application Linux nommée AMBIENT à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom ambient-1.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée AMBIENT pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
AMBIENT pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
IMPORTANT : Depuis la publication de la méthode AMBIENT dans BMC Sys Bio, plusieurs mises à jour ont été effectuées. Si vous souhaitez utiliser la version utilisée dans le document, il s'agit de la v0.6.3, cependant, je vous recommande d'utiliser la dernière version qui fonctionne de la même manière mais avec des options supplémentaires et des améliorations de stabilité et de performances. Merci de votre intérêt!AMBIENT (Active Modules for Bipartite Networks) est un module Python qui utilise le recuit simulé pour trouver les zones d'un réseau métabolique (modules) qui ont des caractéristiques cohérentes. AMBIENT ne nécessite pas de voies prédéfinies et donne des prédictions très spécifiques des zones affectées du métabolisme.
Par exemple, les scores des réactions basées sur les données transcriptionnelles de leurs gènes codants annotés peuvent être utilisés dans le réseau et des modules de changements d'expression coordonnés peuvent être trouvés. Cela offre une alternative aux analyses d'enrichissement des voies/gènes qui est à la fois plus flexible et plus spécifique.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/ambient-bio/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
